相信从事抗体药物质谱表征的同行们都清楚，现有的基于质谱技术的单克隆抗体药物表征分析工作，其传统思路即为首先在蛋白层面得到抗体的准确分子量，其中包括完整单抗的去糖/不去糖分析，还原单抗的轻重链去糖/不去糖分析，有时可能会涵盖某些通过特异性酶切所得到的抗体亚结构的分子量解析，而后在肽段层面上通过肽图（peptide mapping）得到抗体的氨基酸序列信息，N-糖基化修饰位点/占据比率信息，CDR区常见PTM修饰（氧化/脱酰胺化）信息，二硫键配对信息等等。然而，传统思路的固有局限性则在于

换个角度讲，如果我们不清楚该抗体的理论氨基酸序列，或者说我们拿到的根本就是个错误的理论序列（例如，序列中某俩氨基酸位置颠倒，且样品中正确排序的抗体也以一定比例存在其中），此时，采用传统解决方案我们很可能推到出错误的结论。

究其根本原因，就在于传统的单克隆抗体药物表征解决方案建立在经典的蛋白质组学实验的思路之上：即采用合适的酶切得到酶解产物，经由LC-MS/MS分析、数据库检索，通过检索结果中肽段的存在从而证明该蛋白的存在。对于蛋白质组学研究来说，整套科学逻辑可以说是非常强大的，该流程极其适合于从高通量组学实验中获取海量的可信数据。然而，对于抗体药物研究来说，我们的实验对象是一个纯蛋白，研究者需要了解的是该蛋白从N端到C端正确排列的每一个氨基酸的信息。经典思路在很多情况下经不起推敲，例如：对于那些由于长度过短未得到保留或者是因为强度不够而未采集到其二级谱图信息的肽段，就没有切实的实验证据来证明存在；再有就是，在非常极端的情况下，如果一长串被鉴定到的肽段之间都没有overlap，我们很难去下判断说是这个蛋白的这段序列是符合理论排布的。

或者说我们拿到的根本就是个错误的理论序列（例如，序列中某俩氨基酸位置颠倒，且样品中正确排序的抗体也以一定比例存在其中），此时，采用传统解决方案我们很可能推到出错误的结论。

采用合适的酶切得到酶解产物，经由LC-MS/MS分析、数据库检索，通过检索结果中肽段的存在从而证明该蛋白的存在。对于蛋白质组学研究来说，整套科学逻辑可以说是非常强大的，该流程极其适合于从高通量组学实验中获取海量的可信数据。然而，对于抗体药物研究来说，我们的实验对象是一个纯蛋白，研究者需要了解的是该蛋白从N端到C端正确排列的每一个氨基酸的信息。经典思路在很多情况下经不起推敲，例如：对于那些由于长度过短未得到保留或者是因为强度不够而未采集到其二级谱图信息的肽段，就没有切实的实验证据来证明存在；再有就是，在非常极端的情况下，如果一长串被鉴定到的肽段之间都没有overlap，我们很难去下判断说是这个蛋白的这段序列是符合理论排布的。

不够而未采集到其二级谱图信息的肽段，就没有切实的实验证据来证明存在；再有就是，在非常极端的情况下，如果一长串被鉴定到的肽段之间都没有overlap，我们很难去下判断说是这个蛋白的这段序列是符合理论排布的。