悟空数据分析平台是与iOmics Cloud平台的前身,也是它的平行“开发版”,平台目前主要功能是引入各类数据分析相关的R工具,为iOmics开发beta版本工具并收集用户反馈。 现在已经涵盖了数据清洗、 统计分析、 功能分析、可视化、 机器学习等各个层面,具备了共49个大类模块功能。除了 iOmics Cloud平台中的工具以外,你可以在这里找到更多的统计模型和分析工具,如WGCNA流程化处理、宏基因组Tax4Fun功能预测、回归诊断、 各类逻辑回归、决策树分类、助推法分类、激酶-底物富集分析、气泡图、 小提琴图等功能。
悟空平台分析工具一览
统计分析工具 | 功能分析工具 |
• 主成分分析( PCA) • 典型相关性分析( CCA, Canonical Correlation Analysis ) • 正规化典型相关性分析( Regularized Canonical Correlation Analysis ) • 偏最小二乘法判别分析( PLS-DA) • 基于正交信号校正的偏最小二乘判别分析( OPLS-DA) • OPLS-DA分析(可针对多组样本) • 类别变量软独立建模( SIMCA) • 层聚类分析( HCA) • MFUZZ分析 • Kmeans2分 • 假设检验 • p值校正 • 功效分析( Power Analysis ) • 生存分析之求样本量 • 时间序列数据分析( Time Course) • 关联规则分析( Association Rules ) • 层次分析法( AHP) • 标准化+柱状图 | • ID号查询 • ID号转换 • GO富集分析 • GO富集分析(自己上传背景库) • KEGG富集分析 • 基因组KEGG通路图( KEGG Pathway ) • 代谢组KEGG通路图(KEGG Pathway) • String网络图 • 代谢物富集分析( Metabolites pathway over-representation test ) • 代谢物确定( LC MS Search ) • 多组学富集分析(蛋白质组和代谢组) • 序列比对KEGG分析 • 序列比对 GO分析 • 激酶 - 底物富集分析( Kinase-Substrate Enrichment Analysis ) • 宏基因组Tax4Fun 功能预测 |
可视化工具 | 其他工具 |
• 韦恩图(Venn) • 交集图(Upset Plot ) • 雷达图(Radar) • 火山图(Volcano) • 定量信息图 • 相关性图(Correlation ) • 相关性图第二种 • 相关性网络图 • 两矩阵间的相关性图 • 树枝图(Dendrogram ) • 画Motif图 • 词云(WordCloud ) • 带边缘密度的散点圄 • 气泡图(Bubble Plot ) • 小提琴图 • 箱线图 • 数值分布图(小提琴图变种) • 带圈的散点图 • ROC曲线 • 堆叠连线柱状图 • 概率密度曲线分布图 | • Google Scholar R • Sci-hub文献查询 • PubMed查询与分析 • Googlefilter R • 监控CRAN官网函数包 • 书籍搜索 • 回归分析 • 监督学习模型 • 非监督学习模型 • PDF图片格式转换 • WGCNA分析 |
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