质谱实验质量控制之原始数据中的污染物信息
2017-08-14

在了解了质谱污染物可能的来源后,我们可能在整个实验室的质控上有一些的改善,但是当污染出现的时候,我们应能够从质谱给我们的信息中,找到污染物的种类,进而抽丝剥茧找出引起污染的原因。

常用的方法:

1. 从质谱的TIC图上直接找出污染物。一些污染物在质谱中产生的谱峰具有一定的特征性,例如PEG污染,在TIC图中可以看到,一系列分子量间隔约44的峰。如果样品中混有CHAPS的残留,一般在液相梯度临近结束时,能够看到明显的614+峰。
bckgrnd_ion.pdf和peg_table.pdf 分别列举了常见的背景离子和PEG污染离子信息。

2. 借助软件工具查看,例如加拿大BSI公司的PEAKS软件,其中LC/MS View的功能,可以热图形式显示LC /MS的信号或者特征峰的分布。

a) 安装后打开,如果您是未购买PEAKS的用户,只需要点击 :

115311_8429.png

Use PEAKS as a viewer即可。

b) 导入数据:
主界面上点击 File- New Project

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Project Name 根据需要随意起名;Project Location为分析结果文件存放位置;点击Add data files选择质谱原始数据,如:Thermo RAW;Sciex WIFF等,一次可以加入任意多个数据。点击finish。

115425_2338.png

等到loading完毕,1号区域的饼型会变成实心绿色,然后可以双击打开这个数据的谱图,点击二号区域LC/MS即可看到上图右侧的TIC二维图,由于我们只需要查看污染情况,点击3号区域取消勾选MS/MS spectra,然后调整4号区域滑块,调整谱图显示对比度,一般如thermo orbitrap系列数据调整到1E6-1E7左右即可看到较为明显的谱峰分布。图中横坐标为m/z,纵坐标为retention time,每一个独立黑色点即为一条肽段。我们可以用鼠标滚轮缩放查看更细节的信息。如上图,我们可以看到非常明显的从rt 0~60min的连续线条,这些即为环境分子污染。其中多为装修材料中挥发出来的硅烷材料,如果这些信号非常强的话,那么相近分子量的多肽信号肯定受到干扰而难以得到准确检测。

详细分子量对应何种污染物参考:bckgrnd_ion

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上图红圈标记的信号即为PEG污染,严重时也会使得柱压上升,出峰不正常。并且导致定性、定量结果不准确。
本方法同样也可以大致观察LC出峰是否连续稳定、LC分离是否均一等问题。

通过学习本期内容,我们可以在拿到实验原始数据后,在分析开始之前,对实验的质量进行初步判断,也能够通过污染物种类的确定,来改善自己的实验体系。