功能特性

● Label free, SILAC, TMT/iTRAQ蛋白质定量

> SILAC, TMT/iTRAQ, Label-free及相关衍生定量方法均能在 PEAKS中实现。定量方式均可以自由编辑以达到您实验室的个性化需求。

● 全面掌控您的实验设计

> 可以在定量通道和样本重复水平随意定义实验重复和生物学状态。对实验设计进行完整定义。

● 全自动的定量和统计分析

> 专业的定量算法和符合标准的统计分析,如Benjamin and Hochberg FDR 和ANOVA显著性检验结果会直接可视化展示。

● 可靠的差异表达蛋白质可视化展示并高亮显示

> 差异蛋白热图能够清晰展示蛋白质在不同状态间的显著变化。节约您大量的分析时间。

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● 通过共同的参考通道组合多次标记定量实验

> 对于大规模标记定量蛋白质组学研究,您现在可以轻松地扩展您的样本规模。只需要简单设置各次重复实验的共同参考通道,我们就能自动化的将结果进行整合,从而大大提高定量精确度。

● 精确而灵敏的定量算法

> 最新支持的MS3定量方式可以有效地去除共流出肽段的定量干扰从而提供高质量的定量结果。

● 轻松简单的查看并确证结果

> 各个定量结果均能够可视化的查看和确证其差异显著性及谱峰质量。省却大的复杂的查看验证结果的过程,有效地降低假阳性结果数量。您在手动修改结果后,整体统计和相关联的PEAKS定量分析数据会自动进行同步修改。

● 卓越的肽段特征谱峰的检测算法

> PEAKS独有的全新肽段特征谱峰检测算法能够高效的识别成对肽段谱峰从而大大的减少missing value的可能性。

● 直观显示肽段用于定量的配对谱峰

> 以3D LC/MS热图方式展示原始数据中的谱峰并显示响应的提取离子流图方便您查看定量结果。

● 自动校正Arginine到Proline转换

> 自动校正arginine到proline的转换,提高灵敏度。

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● PEAKS DB 实现极致的蛋白质和肽段鉴定的灵敏度和准确性

> PEAKS整合de novo 测序算法和数据库搜索算法可以极大地提高正确和错误结果的区分度。因此可以在相同置信度水平下实现最高的肽段和蛋白质鉴定率。

● 蛋白质序列覆盖视图中的丰富互动操作

> 蛋白质序列覆盖视图中提供了各类分析工具帮助您深入挖掘数据。更好地去确证肽段水平和肽段-谱图匹配结果的正确性。

● 轻松简单的结果过滤方式

> 轻松点击几下鼠标,您就能设定false discovery rate并个性化过滤分析结果。快速定义并可视化可信结果。

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● PEAKS PTM模块高效分析修饰肽段

> PEAKS PTM模块针对PTMs和突变设计,用于修饰蛋白质鉴定。PEAKS PTM 允许您一次搜索Unimod 数据库中所有潜在的自然发生修饰。

● SPIDER模块潜在突变

> 基于de novo- 定制化的同源搜索功能可以找到与数据库中序列不同的可靠结果。SPIDER其独特的功能可以寻找单点氨基酸突变。

● 统一的打分系统方便您的使用

> PEAKS DB, PEAKS PTM, 和SPIDER结果均提供统一的 -10lgP打分。所以三种算法的结果可以整合统一显示或比较。

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● 业界知名的PEAKS de novo 肽段测序算法是PEAKS各类分析的基础

> PEAKS特有的de novo测序算法能够不依赖数据库精确地预测肽段序列。该结果会进一步的用于提高后续PEAKS DB,PEAKS PTM, 和SPIDER分析的准确性和灵敏度。

● 氨基酸水平的精确测定

> Local confidence score算法对每个氨基酸比对结果进行打分。您可以轻松区分正确和错误的氨基酸测序结果。

● 寻找蛋白质数据库没有的全新肽段

> 数据库搜索结果中没有比对上而Denovo结果优秀的数据在‘de novo only’中进行展示。在蛋白质序列覆盖视图中同时也能查看部分序列一致的 “de novo tags” 信息,从而帮助寻找可能的突变信息。

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