肽质量指纹图谱

pmf

我们提供肽质量指纹图谱(PMF)分析,以及蛋白质的快速鉴定(肽段离子搜库)。

肽质量指纹图谱(PMF)是一种蛋白质鉴定技术。基本上,未知的目标蛋白首先被碎裂成肽段,这些肽段的绝对质量可以通过质谱如MALDI-TOF或ESI-TOF精确测量。然后利用软件,将它们的质量数与蛋白序列数据库,或基因序列数据库进行比对。每个蛋白肽段的绝对质量数经过理论计算后,与未知蛋白肽段的质量数相比较找到最佳匹配。

PMF的优点在于:如果蛋白数据库中存在该蛋白,就只需知晓该蛋白肽段的质量数,而无需耗费时间进行DEVONO测序。然而基于PMF的蛋白鉴定依赖单一蛋白,因为混合蛋白会使PMF的分析大幅复杂化,并可能得到不正确的结果,因此,对于含有超过2-3种蛋白样品的PMF鉴定,需要额外使用基于MS/MS的蛋白鉴定,从而提升蛋白鉴定的特异性。

PMF的样品制备时,蛋白样品可以用SDS-PAGE分离,然后进行化学修饰。在凝胶电泳过程中,蛋白中的二硫键会被还原,半胱氨酸被脲甲基化或丙烯酰胺化。之后蛋白被酶切成数个碎片,生成肽段供质谱分析。

酶解后的蛋白可以用不同类型的质谱进行分析,如ESI-TOF或MALDI-TOF。MALDI-TOF更常使用,因为它通量高,而且如果联合MS/MS分析,一次实验可以分析数个蛋白。

用移液枪把一小部分肽段移到MALDI靶板的基质上,基质和肽段分子在MALDI靶板上共结晶以备分析。靶板插入质谱仪的真空室内,通过激光脉冲把大量能量转移给基质分子,肽段碎片开始解吸和电离。能量转移显著促进基质分子和肽段从固相到气相的转化电离,离子在电场中被加速,飞向离子检测器并被捕捉为电信号。在漂移管中他们的质荷比与飞行时间(TOF)成正比,可以相应进行计算。质谱分析得到碎片的分子量列表,常被称为峰列表(peak list)并用于计算机分析。

肽段质量数与蛋白数据库如Swissprot, NCBInr进行比较,这些数据库中包含蛋白序列信息。结果经过统计学分析,返回可能的蛋白匹配。

了解更多蛋白序列分析信息。