鸟枪法蛋白质定性

shotgun-protein-identificat

我们提供基于串级质谱的鸟枪法蛋白组学服务,用于蛋白的定性和定量。鸟枪法蛋白鉴定是一种结合高效液相色谱和质谱的自下而上(bottom-up)的蛋白质组学分析技术。鸟枪法蛋白质组学中最常用的方法是,蛋白混合物首先被酶解成肽段,生成的肽段随后在液相色谱中分离,最后在串级质谱中鉴定。鸟枪法蛋白质组学的兴起是为了解决旧的分析技术难以分离复杂混合物体系的问题。1975年,O’Farrell和Klose提出了二维聚丙烯酰胺凝胶电泳(2D-PAGE)技术,该技术可以分离复杂的蛋白混合物。基质辅助激光解吸电离(MALDI)、电喷雾电离(ESI)及搜库技术的发展促进了蛋白质组学的发展,然而这些技术在分离和鉴定低丰度蛋白、突变蛋白及膜蛋白方面仍存在困难。鸟枪法蛋白组学的出现使得这些问题得以解决。

鸟枪法可以全局性地定性蛋白,同时能够系统性地描画出动态蛋白质组。它同样回避了分析完整蛋白时较低的分离效率及质谱低灵敏度的问题。

动态排除筛选常用于鸟枪法,以随机取样的代价最大化蛋白鉴定数。

蛋白质从混合物中提取并酶解成肽段,随后直接上样到毛细管柱,肽段按其亲疏水性和电荷得到分离。随着肽段从柱子中被洗脱,它们被赋予电荷并在串级质谱的第一级中按m/z分离,备选离子经过碰撞诱导解离或其他方式诱导解离,带电荷的碎片离子稍后在第二级质谱中分离。

通过利用商业的搜库软件(例如SEQUEST或MASCOT),将肽段碎片的质谱图谱(“指纹”)与蛋白或基因序列数据库比对,从而鉴定蛋白。常用的序列数据库的有Genpept数据库或PIR数据库。

随着人类基因组测序完成,下一步工作将对所有预测的基因及其对应的蛋白产物进行验证和功能注释。鸟枪法蛋白组学技术可用于这些蛋白质的功能归类或对比分析,它可以大规模研究蛋白质组,也可以专注于研究某个蛋白质家族,既可以在实验室中完成也可以商业化。