蛋白质糖基化

蛋白质糖基化修饰过程参与诸多重要生命活动,比如:细胞识别、免疫反应,肿瘤的发生与发展,受体配体相互作用等。主要的糖基化修饰类型:N-连接糖基化;O-连接糖基化;C-连接糖基化;GPI锚定连接糖基化。目前,液相色谱-串联质谱法(LC-MS/MS)因其精准和灵敏的特点成为当下完整糖肽(同时获得糖链,肽段,糖基化位点信息)研究的主流方法。

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目前糖基化蛋白质组学研究存在哪些难点?

1. 非模板合成,算是最为复杂的翻译后修饰类型
2. 真核细胞内约50%蛋白质发生了糖基化修饰
3. 糖基化修饰蛋白固有含量极低,难以直接检测
4. 糖基化修饰位点的微观不均一性,进一步降低了糖基化肽段的含量
5. 糖基化修饰肽段离子化效率低,非修饰肽段存在抑制效应
6. 糖基化肽段的碎裂会优先发生在糖链上

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糖基化修饰作为目前最复杂的蛋白后修饰,以上这些难点给完整糖肽的获取、鉴定通量和数据分析带来极大的挑战,大大限制了糖蛋白组的研究,使其发展远滞后于常规的蛋白组水平。

基于生物质谱的糖基化蛋白质组学研究策略

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与常规蛋白质组学实验相比:增加一步富集 (蛋白/肽段层面)
碎裂模式的选择:Combined mode or Stepped NCE
研究目的:位点?糖型?位点+糖型?
谱图的解析:商业化糖库?自建糖库?
定量方法的选择:标记?非标记?内标?

接下来聊一聊易算在糖蛋白研究领域可以帮您做什么工作?

易算生物提供的N-糖基化蛋白质组学研究思路

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易算生物的N-糖肽研究策略技术指南 ( Nature Communications )

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