SILAC蛋白质组学分析

基于SILAC的定量蛋白质组学(SILAQ)是高通量定量研究蛋白质复合体、蛋白-蛋白相互作用、蛋白-小分子相互作用的创新技术。我们的SILAC服务提供了一种非靶向策略,用于揭示抑制剂或其他扰动如何特异性地影响蛋白的动态特性以及细胞定位。它同样可以灵敏而有效地种确定细胞中蛋白相互作用模式。

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定量蛋白质组学作为一种描述不同细胞阶段下蛋白表达差异的工具,在生命科学研究中越来越受到重视。细胞培养条件下稳定同位素标记技术(SILAC)是蛋白质相对定量的一种有力技术。基于体内标记技术,SILAC是蛋白质组学中一种简单直接的定量手段。

SILAC通过细胞代谢过程,将给定氨基酸的“轻”“重”形态嵌合到蛋白中。因为两种同位素标记的氨基酸的化学性质本质上相同,它们的嵌合并不会影响细胞的正常生长,同时又使得肽段/蛋白可以被质谱区分开,因此是质谱分析的理想方案。该技术依赖于用稳定同位素标记的氨基酸取代自然的氨基酸。

实验中,两个细胞群落分别生长在含有特定“轻型”氨基酸和含有“重型”氨基酸(如分别用12C和13C标记的L-赖氨酸)中培养基中,其他条件相同。当培养基中同位素标记的氨基酸被摄入细胞,它便被嵌合到了新合成的蛋白质中。经过几代细胞分裂,这个特定的氨基酸会全部被同位素标记的氨基酸所替代。因为同位素标记的氨基酸和自然氨基酸没有任何化学性质上的区别,细胞的生长与在自然氨基酸中完全一致。

基于衍生化的标记技术需要在收集细胞后再进行标记和纯化分析,与之相比SILAC的优势在于它保证了最大的可重复性以及最小的样品间蛋白水平的变异。

SILAC样品随后进行酶解和LC/MS分析。蛋白定量在肽段水平进行,通过比较具有氨基酸组成且序列相同而质量数不同的谱峰实现。除了蛋白水平的测定以外,SILAC法同样适用于监控翻译后修饰的变化。此类应用包括蛋白磷酸化和甲基化的测定。