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Biognosys公司近期推出了Spectronaut软件的最新版本,Spectronaut™ 10。该版本针对应用DIA技术的发现式蛋白质组研究进行了优化,并推出了改进蛋白质定量及生成谱图库相关的功能。
重要提示:自Spectronaut™ 10发布开始,Spectronaut软件开始收费,老用户将可以获得1年的免费升级服务,咨询详情

Spectronaut™ 10 关键新功能介绍:

• 应用了新的蛋白定量算法(Protein Quant 2.0)改进了定量逻辑(Quant 2.0)
• 谱图库生成功能的高级优化
• Spectronaut™中建立的谱图库与SpectroDive™实现无缝衔接
• 改进了RAW文件读取模块,加快了读取速度
• 增加了GO注释功能

Spectronaut™与超反应监测

超反应监测Hyper Reaction Monitoring (HRM-MS™)是Biognosys专利的基于DIA技术(非数据依赖采集,类似SWATH™)靶向分析的非标记发现式蛋白质组实验流程。HRM Workflow能够在一次DIA实验中(DIA, SWATH)以无可比拟的蛋白质组覆盖率定量多达9000种蛋白质。配合使用Spectronaut™,HRM Workflow最适合用于鉴定差异表达蛋白或在蛋白质组层面进行高通量蛋白定量。

近期一篇Nature Biotechnology文献1对DIA相关软件进行了比较,标题为 “A multicenter study benchmarks software tools for label-free proteome quantification”,这篇文章开发了一款可以用来平行对比不同DIA软件效能的工具,如定性能力、自动化能力和各方面定量的正确性。结果显示Spectronaut 软件表现出色,在多次平行实验间实现了非常低CV和高灵敏度。更多关于此文章内容请参考本站新闻

Biognosys此后持续进行着Spectronaut™的开发,并于2016年11月30日发布了最新的Spectronaut™ 10,并运用上述文章中的工具,对软件的性能优化进行了论证。

从下表可以看到,Spectronaut™ 10与Spectronaut™ 7相比,CVs低于20%的肽段定性及定量数量得到了显著提高。

spectronaut10_table

在蛋白质水平同样观察到了相同的趋势,通过Spectronaut™ 10内置的全新定量算法(Protein Quant 2.0),CVs低于20%的蛋白质定性及定量数量比Spectronaut™ 7提高了40%。更重要的是,这些优化并没有造成数据完整性的丢失。而与Spectronaut™一贯表现一样,使用默认设置就可以得到最佳性能,避免了冗长复杂的参数设置。

Spectronaut™ 10对所有主要功能界面进行了扩展及修改。在准备界面增加了更多生成谱图数据库的选项,使得用户可以轻松地建立数据库并导出用于SpectroDive™的PRM及MRM测量。

对于DIA数据分析,Spectronaut™ 10使用了新数据导入算法,当使用Sciex数据时,可以大致观察到分析时间快了将近四倍(分析6个wiff文件的时间为41min对150min)

spectronaut10_plot

参考文献:
1. Navarro, P. et al. A multicenter study benchmarks software tools for label-free proteome quantification. Nat. Biotechnol. (2016). doi:10.1038/nbt.3685
2. Bruderer, R. et al. Extending the limits of quantitative proteome profiling with data-independent acquisition and application to acetaminophen-treated three-dimensional liver microtissues. Mol. Cell. Proteomics 14, 1400–10 (2015).
3. Bruderer, R., Bernhardt, O. M., Gandhi, T., Gomez-Varela, D. & Reiter, L. Single shot deep DIA methods with optimal coverage, reproducibility and quantification precision. ASMS 2016, San Antonio.