1. 功能全面准确
IPA分析内容包括:功能、疾病相关性分析,生物学下游效应分析,经典通路相关性分析,通路活性效应预测,转录调控分析,转录因子互作分析,非经典信号通路预测,相互作用网络分析,生物标志物筛选,多组学/多时间点/多剂量差异效应分析,功能、疾病背景分子查询、相应文献调研及对应通路绘制等。
IPA优势之一在于各个分析模块在同一质控、算法平台上实现,保证了结果间打分和交叉查询的准确性;之二在于各个分析模块均采用每周统一更新的IPA背景数据库,避免了其他工具可能会遇到的背景数据库不统一、更新不一致导致的误差;之三在于所有分析结果均可提供原始文献出处,所有结果均保证来源于高影响因子的文献中的验证实验结果;第四个也是最大的优势在于IPA数据库包含各类分子功能、通路、互作的定量效应信息,因此能够100%利用我们定量实验中得到的上下调信息,从而预测相应分析模块结果中的激活、抑制状态,这是任何其它软件无法实现的。
2. 分析流程
IPA分析流程非常快速,并且在用户需要相应分析结果的文献支持时,可以快速列出用户所需支持实验细节和相应文献,而无需用户一篇篇去PubMed查证相应分析结果。
3. 数据库
IPA所有分析均基于其数百名PHD每天人工阅读整理的文献信息,该数据库自1998年起开始构建,着重收集生命科学、医学各领域权威杂志全文中的生物信息,目前已有近700万条生物学知识,并与多个权威数据库合作整合其它权威生物学知识,从而提供最正确详尽的生物学数据分析解决方案。
4. 接受程度高
作为一款商业化数据分析软件,IPA依然拥有将近三万(截止2018年1月)的SCI引用,远远领先于其它任何商业化生物信息分析软件,也毫不逊色于免费的GO,KEGG等的引用率。而其结果的高度准确性、更好深入挖掘数据的能力也广受好评。每年在Nature、Cell、Science、PNAS等权威杂志上使用IPA发表的文献都有分别都有十几到几十篇不等。绝大多数审稿人都了解或使用过IPA,因此也无须担心使用IPA分析的结果遭受质疑。
5. 分析报告内容