临床蛋白质组学是将蛋白质组学技术应用于临床医学研究,是蛋白质组学的一个新的分支。在阐明疾病发生发展的机制,探索疾病预防、诊断、治疗的标志物和靶标以及人类重要疾病预防等方面具有重要意义。
临床蛋白质组学研究特点:
1. 蛋白质数量非常庞大
2. 对检测灵敏度的要求很高
3. 蛋白质含量范围差异大
4. 对蛋白质相互作用的检测是其重要内容
5. 临床样本的处理是其分析的瓶颈。
临床蛋白质组学研究流程:共包括三个层次,分别是临床蛋白质的发现,验证和深入研究。
一、临床样品蛋白质组的发现式检测
二、候选蛋白质验证
三、深入研究,比如细胞生物学验证及动物实验验证等。
易算提供的临床蛋白质组学全套解决方案
非靶向发现——DIA/DDA非标记定量技术
相关资料:PEAKS 和Spectronaut
靶向验证——PRM
相关资料:SpectroDive
临床蛋白质组学在诊断标志物研究中的应用案例1
Discovery and Validation of Novel Protein Biomarkers in Ovarian Cancer Patient Urine. PROTEOMICS CLINICAL APPLICATIONS. 2018.
样本类型选择:
• 尿液样本
样本数目:
• 发现组群20例(10+10)
• 验证群组60例(10+10)
技术路线选择:
• 非靶向发现技术
• 验证技术选择——靶向验证PRM技术
案例2
Quantitative variability of 342 plasma proteins in a human twin population. Mol Syst Biol. 2015 Feb; 11(2): 786.
在人双胞胎血浆中检测蛋白表达量差异,用以评估环境和遗传因素对血浆蛋白质组的影响。共检测了232个个体,定量342种血浆蛋白质。