质谱蛋白质组研究是生物医学研究中的一个重要领域，其意义在于能够全面解析细胞内蛋白质的种类、表达量、功能及其相互作用，这对于理解生物体的复杂生物过程、疾病机制和药物作用具有重要价值。相比于转录组，蛋白质组的显著优势在于直接检测功能的效应物，蛋白的表达趋势也更准确反映疾病或生理状态的变化，后续验证阳性率高…
查看原始文章来源 ↗质谱蛋白质组研究是生物医学研究中的一个重要领域，其意义在于能够全面解析细胞内蛋白质的种类、表达量、功能及其相互作用，这对于理解生物体的复杂生物过程、疾病机制和药物作用具有重要价值。相比于转录组，蛋白质组的显著优势在于直接检测功能的效应物，蛋白的表达趋势也更准确反映疾病或生理状态的变化，后续验证阳性率高，目前高分文章不断，而且蛋白比mRNA更稳定，样本准备、储存和运输都更简便。然而，蛋白组相比于转录组在检测深度上较低，尤其是低丰度蛋白，不能通过扩增而放大信号，使得蛋白信号的全面采集尤为困难
技术原理： 数据非依赖性采集（Data-independent Acquisition，DIA）技： 是近几年来发展的新一代蛋白质组非标记定量技术，将整个质谱扫描划分为若干个质量范围内的窗口，依次对每个窗口的全部母离子进行碎裂，然后采集全部子离子信息。由于DIA方法不依赖于选择和分析高丰度的母离子，而是采集全部离子信息，因此相比于DDA，DIA具有缺失值少，覆盖深、稳定性高和定量准确等优势
适用对象：任何物种及来源以及任何数量的生物样本进行全蛋白质组定性定量，尤其适用于≥18例的大队列研究。常见样本类型包括： 临床或动物的组织、细胞、FFPE、粪便样本，生物体液样本，如血清、血浆、脑脊液、尿液等，以及微量样本，如流式分选的细胞、激光显微切割的组织，活检组织 。通过DIA方法可以识别蛋白质标志物、研究分子机制和发现药物靶标。此 植物叶片、根、花、果实、种子和藻类 样本的蛋白组和磷酸化蛋白组研究也可以用DIA方法
团队在质 数据分析 领域拥有超过 15年的深厚经验。我们的专家具备超过15年在蛋白质组试剂盒和耗材的使用和开发经验，以及超过10年的色谱和质谱维护、应用和方法开发经验。此外，我们在各类生物学样品处理方法开发和质谱服务售后领域都有超过5年的经验 团队成员总被引次数超 4000次 &
团队是国内最早进行下一 蛋白质组 方案开发、实施的专家。从 2017年起就开始着手布局临床样本多组学、大队列蛋白质组、修饰组的技术方法开发并构建了完整的研究和实施方案。DIA技术服务形成了完整的上下游配套产品和分析方案，以下几个方向，包括：
DIA蛋白质组的样品前处理过程复杂，以往手动处理耗时耗力，还容易受实验员经验和状态的影响： 人为因素造成 操作误差和不均一性不好把控。对于大队列样品分析，更要求前处理快速高效和稳定可靠，我们采用自动化处理流程能够在数小时内实现大规模蛋白质组样品制备，确保数据的一致性和再现性。目前对组织/细胞等含：.01μg-30μg的蛋白样品均可实现自动化、试剂盒化处理，如果是研究血：血浆、脑脊液、房水、卵泡液等含有高丰度的体液样本，还可以实现完全自动化低丰度蛋白富集等一系列过程
高性能质谱推荐 精准质谱仪器推荐
为了满足大队列的质控要求，我们开发了EasyDIA平台： 方便提供全自动质控分析。该平台 可以全方位考察液相系统、质谱系统，定性结果和定量结果等多个方面，通过分析原始质谱数据将获得一系列质控结果
采用自动化、试剂盒化的样本制备流程，能有怎样的效果呢？我们DIA分析： 96孔板一整板的小鼠肿瘤组织样本，然后 用质控平台监控数据。结果显示，技术重复的相关性达：.9以上，蛋白定量CV：5%。这些结果说明我们的DIA蛋白组流程对大队列样品研究有良好的稳定性和可靠性
以往做DIA分析，必需构建一个DDA谱图库，这种谱图库DIA策略可以减少搜库运算时间，增加检测深度，但同时也增加了实验时间和成本。现在，DIA可以结合神经网络学习算法，软件可以直接解析DIA数据，不需要建库也可以，这是一种提高通量和性价比的directDIA策略
如下图所示，HeLa细胞样本，在不同仪器中测试，比较建库和不建库的蛋白鉴定量：明显谱图库DIA的蛋白鉴定数量更多，directDIA的蛋白鉴定量较少，不过由于不用建库，减少了实验时间和成本： 两种方法各有优势，您可以根据需求选择
面对复杂多样的临床大队列场景化分析需求，我们可以提供高度定制化的分析模块，助力高分研究成果。我们将根据您的具体需求，量身定制数据可视化方案，并进行深入的生物背景调研，确保提供精准匹配的分析解决方案
四、优势DIA项目数据展示
临床大队列项目（新鲜冷冻组织、石蜡包埋组织、血：血清、粪便等
高灵敏高深度项目（单细胞蛋白组、空间蛋白组
单细胞蛋白组： 9例单 小鼠卵母 细胞的蛋白组鉴定数量均高：500+个蛋 ，采用directDIA方法，timsTOF HT质谱
空间蛋白组： 转移瘤切片， 激光显微切割取样， 200*200*10μm平均约检：500个蛋白，50*50*10μm检：500-3000个蛋白，DIA方法
空间蛋白组：小鼠胎盘切片：μm厚。切：00μm：00μm：00μm：000μm尺寸大小可以鉴定：000-6000+个蛋白
