N/O-完整糖肽组，即对生物样本中的总蛋白质进行大规模N/O-糖基化修饰定性和定量分析，以捕获 糖链、糖基化位点、糖肽、糖蛋白 等信： 。为识别生物标志物、解释机制机理以及研究药物靶点方面带来价值
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糖基化修饰解析一直一来都极具挑战性，因为糖基化存在宏观和微观不均一性，主要体现在糖链有多种糖组成，一个位点上可能会有不同的糖链修饰，同一个蛋白又有不同的糖基化位点修饰，导致它的复杂性逐步增加，如何有效对糖基化蛋白组进行解析呢？
我们经过多年研究创新与技术积累，推出一套全流程的技术方案，假如您正在或者将要开展N/O-完整糖肽组方面的课题，请和我们联系
以往检测糖基化修饰是将糖链从肽段上释放出来 分别做糖组解析和糖基化位点解析，但这样就丢失了位点特异性的糖基化信息。现在已经发展到可以直接对完整糖肽进行解析，实现位点特异性的糖基化鉴定。在这个过程中，有三个待解决问题：. 如何获得高质量完整糖肽；2. 如何采集和解析大规模糖肽谱图：. 如何进一步挖掘解析结果
基于此，我们搭建了目前最先进的糖基化组研究方案：1）采用HILIC材料富集样品中的N/O-完整糖肽：）结合高分辨质谱实现全面、准确地数据采集，再采用pGlyco糖基化分析路线进行数据解析，3）最后在专项分析平台中进行糖基化修饰的定性、定量、功能和临床分析
该技术方案发表在相关文献
1. Zeng, Wen-Feng et al. “Precise, fast and comprehensive analysis of intact glycopeptides and modified glycans with pGlyco3. Nature methods & vol. 18,12 (2021): 1515-1523. doi:10.1038/s41592-021-01306-0
2. Kong, Siyuan et al. “pGlycoQuant with a deep residual network for quantitative glycoproteomics at intact glycopeptide level. Nature communications & vol. 13,1 7539. 7 Dec. 2022, doi:10.1038/s41467-022-35172-x
各类物种中，大概：0%的蛋白质可以发生糖基化，但丰度又特别低，所以需要比较多的样本去进行糖基化富集后进行质谱检测，每例至少需要能得到1mg蛋白的原始样本
第一步样本制备：对于N-糖肽，将提取好的蛋白经酶解和除盐后，用HILIC材料富集获得N-糖肽（少许O-糖肽可忽略）。如果要检测O-糖肽组，需要在富集之前用N-糖苷酶将N-糖链从肽段上酶解下来，只保留O-糖肽，然后用HILIC富集
第二步数据获取：采用 高分辨质谱的HCD模式进行N-完整糖肽组采集，三合一质谱： ETD ：EThcD 模式进行O-完整糖肽组采集。然 采用 pGlyco3.0 定性检索引擎和 pGlycoQuant 定量工具，进 高准确性、全面、快速地完整糖肽鉴定和定量
第三 数据分析 ：采：GlycAP 专项生信平台分析数据，对糖肽鉴定结果进行统计、分类和对比，对定量结果进行聚类和差异比较，对差异糖肽进行功能、通路和网络互作分析，最后可对临床数据做生存分析和ROC曲线
面对相对低丰度的糖基化修饰肽段，在进行质谱分析前要对样品进行特殊的操作处理，也就是富集（enrichment）。常见的富集技术有很多，各有优点及固有局限，如下表所示。要想获得完整糖肽，以便后续分析位点上到底有哪些种类的糖型结构，同时适合 大规模糖蛋白组研究，最佳选择是亲水富集方 。因此，我们采用ZIC-HILIC材料进行N/O-完整糖肽富集。并且我们将整个蛋白提取、还原烷基化、酶解、除盐、富集的过程整合成了试剂盒，并集成到96孔板中操作，可以实现高通量。整个过程平行操作，重复性好，同时优化操作步骤，样品损失减少
对于复杂的N-完整糖肽组，我们通常采用 Eclipse& Tribrid& 、Orbitrap& Lumos、Astral等高分辨质谱，其： 尤其 Eclipse或Lumos质谱，还可以分析O-完整糖肽组，具体优势如下：： Eclipse或Lumos 支持 多种碎裂模式：HCD模式适合采集N-完整糖肽；ETD ：EThcD适合采集O-完整糖肽，可以保持糖基化位点上的糖链不受破坏：）高分辨率和质量精度：准确区分糖肽及其碎片离子质量，有利于定性： 对于进一步分解糖肽碎片中的糖链结构，确认糖基化位点非常有帮助 3）高灵敏度：样品低input，能够检测低丰度的糖肽
高性能质谱推荐和项目经验数 详情另见链接 精准质谱仪器推荐
近年来，国内外都开发了不少解析完整N-糖肽的相关软件，但在糖链鉴定质控不足、检索速度慢、多糖基化位点定位不精准等方面仍有局限性。我们采 p Glyco 3.0，作为首个聚糖优先搜索引擎，通过优先搜索糖链并进行严格质控，有效缩小搜索空间，提升检索速度及鉴定精度，尤其在处理多糖基化位点和复杂糖型时展现出显著优势： p Glyco& 3.0 结合pGlycoQuant定量工具可以实现高准确性、全面、快速的N/O-完整糖肽组鉴定和定量
我们与复旦大学课题组共同开发糖蛋白组专项分析平台GlycAP，为糖基化研究提供更强大、更精准的工具支持
我们 设计的分析方案，支持多物种数据处理，如人、大小鼠、拟南芥、斑马鱼、大熊猫等，包括基础统计、糖肽聚类、富集分析、网络结构、生存分析等专业的分析流程、参考前沿文献图表制图，融合多种注释平台如KEGG,COG,疾病，药靶等注释
