蛋白质非标记技术（Label-free）是对蛋白质酶解肽段直接进行LC-MS/MS分析，无需使用同位素标签标记，结合 质谱的数据依赖性采集（Data-dependent acquisition，DDA)可以对生物样本进行全蛋白质组检 ，分析样本的蛋白组成（定性）或蛋白丰度（定量： Label-free…
查看原始文章来源 ↗蛋白质非标记技术（Label-free）是对蛋白质酶解肽段直接进行LC-MS/MS分析，无需使用同位素标签标记，结合 质谱的数据依赖性采集（Data-dependent acquisition，DDA)可以对生物样本进行全蛋白质组检 ，分析样本的蛋白组成（定性）或蛋白丰度（定量： Label-free quantification，LFQ ）
LFQ-DDA的优势在于该方法发展 早，实验流程和分析流程都是目前最成熟的方案，操作简单，主流 数据分析 软件普遍支持LFQ-DDA的数 据处理 在质谱DDA 式下，选择TopN的高丰度离子进行碎片化，因此数据量相对较小，数据 解析简 。适用于绝大多数非大队列体系（：0例），且不限制物种和样本 型。适用于非特异性酶切、未知修饰、未知序列解析等多种复杂场景。在未知样品或需要发现新蛋白质、变异体的研究中，LFQ-DDA更为适合，因为DDA模式可以捕获新颖的、未在数 据库中注释的肽段
一、label-free DDA项目流程
适用对象：基： label-free DDA 技术的常规蛋白鉴定及定量是目前最成熟的蛋白检测方案，适用于绝大多数非大队列（：0例）体系 究，物种及样本来源不限
1）定性研究，通常是检测IP、Co-IP、pull down的胶点、胶条或溶液等样本中的蛋白是什么；
2）定量研 （Label-free quantification，LFQ）， 通常用于全面检测完整组 织、细胞、体液等样本中的蛋白组成 及其丰度。也常被用于多肽组学分析或翻译后修饰组学分析，如糖基化修饰组等
全蛋白组：组：-20-60mg；细：-1×10^6个细胞； 菌体-- 50μl 沉淀
蛋白溶液/蛋白干粉全蛋白组： BCA 蛋白定量准确，总量50μg以上
IP 样品：： （有备份最
胶条样本 每个样本至少1份（有备份最好）
多肽组：组织30mg-60mg 细胞5×106个细胞等
糖基化修饰组：mg以上蛋白，动物组：0mg：g植物组织：-2*107个细胞，200μl血：血浆，2ml唾液等
三、label-free DDA蛋白组服务方
我们搭建了一整套的完整上下游流程，包括自动化、样本类型全覆盖的蛋白前处理，高性能质谱采集，以及专业数据分析平台和质控平台，助力Label-free DDA相关研究
我们采用自研的工作站配合试剂盒，不管： 完整 组织、细胞或植物样本，还是免疫沉淀（IP）和体液等复杂的溶液体系，亦或是胶条这种处理繁琐的样本，我们都可以实现自动化的蛋白质前处理操作，这种方案减少了样本需要量，缩短了操作时间，解放了双手
高性能质谱推荐另见链接 精准质谱仪器推荐
为确保实验过程的可靠性，我们搭建了一个质控分析云平台 该平台可以自 全方位考察色谱系统和质谱系统的检测结果，并对项目的定性结果和定量结果数据进行多方面地质量监测 这些内容很好地帮助我们评估平台稳定性和项目数据
四、label-free DDA应用案例
