在药物研发的复杂过程中，准确识别药物靶点是关键步骤之一。我们平台致力于提供先进的蛋白质组技术方案，帮助研究人员更好地理解和发现药物靶点。接下来将介绍一种无需探针、流程简单、高灵敏度的解决方案，在LiP-MS的基础上实现重大升级，改进后的方法能够更高效地识别药物在蛋白质组中的潜在靶点
查看原始文章来源 ↗在药物研发的复杂过程中，准确识别药物靶点是关键步骤之一。我们平台致力于提供先进的蛋白质组技术方案，帮助研究人员更好地理解和发现药物靶点。接下来将介绍一种无需探针、流程简单、高灵敏度的解决方案，在LiP-MS的基础上实现重大升级，改进后的方法能够更高效地识别药物在蛋白质组中的潜在靶点
目标 寻找 小分子结合靶标及结合位置
研究材料 客户提供细胞样本和小分子药物
技术原理： 通过限制性酶切技术保留配体与 蛋白质的结合区域 （与lip-ms原理相同，都是基于限制性酶切技术，我们在lip-ms的基础上改进了酶切条件，使得结果准确率更高 ）， 通过高精度质谱检测肽段丰度差异，比较酶切肽段丰度差异，可以识别出与配体结合的蛋白质及其作用区域
为什么选择限制性酶切技术？
无需化学修饰 不需要设计探针，缩短了课题周期，并且对没有合适修饰位点的药物友好，更重要的是避免了由探针干扰造成的假阳性靶标鉴定
两个维度信息 相较于TPP，通过限制性酶切检测肽段差异信息，可以同时获得配体结合蛋白及其结合位点的信息，有助于深入理解配体的作用机制，为药物研发和疾病治疗提供新的思路
通过优化酶的选择与酶切条件，增强了特异性蛋白酶活性并： 缩短了实验流 ： 显著提升实验效率 前处理时间从>20小时压缩：lt;1小时，天然靶标筛选全面进入单日时
该方法直接生成特异性酶切肽段数据，无需进行 背景扣除，每例样本分析成本降低一
通过强化酶解深度与特异性，显著降低未结合区域的大分子片段干扰。通过更高效的酶解策略减少了数据复杂性，并增强配体结合区域的信号： 与传统LiP-MS相比 该方法提高低丰度靶标识别能力
药物处理 客户提供药物和细胞（不用裂解），我们进行非变性提蛋白，设置药物孵育组与DMSO对照组，每组一：-5重复
深度酶切与肽段收集： 使用蛋白酶快速进行酶： 强降解， 将限制性酶切产生的肽段和大片段进行分离，收集可质谱检测的肽段
质谱检测： 然后通过质谱DIA定量 蛋白质组 技术鉴定肽段的丰度变化。通过比较孵育vs对照在相同酶切条件产生的肽段的信号强度，差异肽段对应位置可能为药物作用区域，所对应的蛋白即为药物靶标蛋白
数据处理与挖掘： 结合p-value和FC进行差异肽段筛选，对肽段表达情况进行火山图和热图等可视化，并对其所属蛋白进行功能分析。根据疾病类型、细胞器定位、通路富集和蛋白互作网络等信息锁定候选药靶
DEMO数据以雷帕霉素为例，通过该方法检测其在HeLa细胞中的已知药靶FKBP1A，孵育组与对照组重复3vs3，Eclipse，DIA上机1小时
2）蛋白水平差异火山图 图中明显鉴定到雷帕霉素在HeLa细胞中的已知靶标FKBP1A（蓝色点），并且我们比文献LiP-MS方法检测到差异倍数更大，说明该方法可以更高灵敏、高特异性地检测到药物结合靶点
优化方法的蛋白水平火山图
文献LiP-MS方法蛋白火山
