LiP-MS和TPP目前我们有多种方案设计：单浓度LiP-MS、单温度TPP、多浓度LiP-MS和多温度TPP。考虑到成本与难度，我们更推荐单点（组合）方案 方案详情见链接： 药物识别蛋白组：LiP-MS和TPP技术方
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在做分析时，不同方案的分析策略和内容有些不同
LiP-MS单浓度分析：先扣背景，再 肽段水平 筛选差异，
TPP多温度分析：不扣背景，蛋白水平筛选差异，
多浓：多温度：可绘制拟合曲线
接下来展示各方法的分析结果：
在细：细胞裂解液与药物孵育后，可能会导致蛋白表达发生变化或者蛋白溶解度发生变化，也就是说，有些蛋白即使没有与药物结合，也有可能在孵育组和未孵育组中表现为差异，或者有些靶蛋白本来应该 在孵育组和非孵育组中 差异，实： 检测不到差异
因此LiP-MS实验方案会设计背景扣除组，LiP实验组是做Proteinase K+Trypsin双酶切，背景扣除是仅做Trypsin 酶切的全蛋白组， 数据分析 时背景扣除组可以起到数据归一化矫正的作用 这样筛选药物孵育前后的差异肽段，即潜在药物结合区域，才更准确
进而筛选孵育组和未孵育组的差异肽段，这： 差异肽段可能就是药物结合肽段 计算每个肽段在各比较组样本中： 平均 定量值，比较两组样本均值的比值即为差异倍数（Fold Change），同时通过T检验（T-test）计算p值（P.Value）来判断差异的显著 。此外还会计算Lip得分，值越大表示蛋白与小分子结合的可能性越大。差异肽段及统计图表如下所示：
火山图展示孵育组vs未孵育组的上/下调表达差异肽段，基于倍数变化和p-value两个统计值，聚类热图展示差异肽段在不同组样本中的表达情况
接下来进行功能分析， 进一步了解药物结合后对哪些功 和通路有显著影响，从而寻找核心药靶 该部分内： 是基： 差异 肽段 所属蛋 进行GO功能、KEGG通路和蛋白互作网络分析，蛋白本身不考虑差异
GO功能分析：基于GO数据库，对差异肽段所属蛋白进行生物学过程、细胞组分和分子功能的注释和富集分析
KEGG通路分析：基于KEGG通路数据库，对差异肽段所属蛋白进行新陈代谢、细胞过程，人类疾病等通路的注释和富集分析
STRING蛋白互作网络分析：展示蛋白已知或预测的相互作用信息，根据连通性等参数结果，寻找关键互作节点
基于上述差异肽段分析结果，再结合目标研究方向、疾病和细胞器定位等参考信息，可以锁定到几个潜在靶标，然后进行分子对接、细胞热位移实验等验证，为药物与靶点的结合提供直接证据
在客户确定好药靶后，我们可以提供肽段Barcode图、蛋白结构图等可视化结果，可以帮助观察由于药物结合或构象变化导致表达变化的肽段区域
该部分内容在客户确定好目标药靶之后提供。备注：蛋白结构图需要蛋白和药物在数据库中有三维结构才能做
基本同上述LiP-MS分析内容，只 1 )& TPP不需要做背景扣除：) TPP分析的是蛋白水平表达，不做肽段可视化
