蛋白质组 (Metaproteomics)，即对微生物群落蛋白质进行大规模定性与定量分析，以捕获微生物群落的物种组成、蛋白丰度和生物学功能等信息。为生物医药、食品发酵以及环境科学领域带来价值
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我们经过多年研究创新与技术积累，现推出一套全流程的解决方案，假如： 正在或者将要开展宏蛋白质组学方面的课题，想找到更多更有价值的信息，请和我们联系
对于宏蛋白组研究： 重要也是最难的一步就 构建一个合适的蛋白序列数据库 传统有三个类型建库： 公共数据库或基于公共数据库优化建 基于宏基因组测序数据得建库和基于16S/18S rRNA测序的伪宏基因组数据库
这些类型的建库需要关注建库序列特异性和注释准确率的问题 我们经过多年探索，针对每一种方法进行了优化与创新，显著提高了宏 蛋白鉴定的准确率和效率 目前已发表的建库策略及其应用的相关参
具体特异性建库特色： 基于宏基因组测序采用 ConDiGA 策略，蛋白注释率显著提高，相比主流方法提：100% 以上，相关成果发表在《Microbiome》中。整合超：9万的肠道菌群高丰度蛋白（ HAPs ）构建样本特定的全蛋白质组数据库流程 优化了搜库时 且可准确鉴定微生物群样品的分类组成并实现高效、高灵敏宏蛋白质组分析，相关成果发表在《Analytical Chemistry》。基：6S rRNA结合DDA分级建库提高鉴定深度，相关成果发表在《NPJ Biofilms and Microbiomes》中
此外，对于上游实验环节以及质谱分析环节，我们的优势还包括 自动化前处理 实现从菌群蛋白到肽段的一站式操作，可批量处理96个样本。机器人响应更灵活，除盐和富集效果得到提升 后续采用最新型的质谱timsTOF Astral ，在临床大队列微量样本的宏蛋白质组学分析中具有广阔的应用前景。在数据检索方面，特色搜库流程包括高性价比的无谱图库DIA检索以及更深覆盖的合并谱图库DIA检索
我们解决了宏蛋白质组的全流程技术难点，助力大规模微生物菌群样本的宏蛋白新认知
菌群 蛋白 组的应用场景非常多，各种样品类型 送样建议具体如下
前面我们提到宏蛋白质组的研究关键是蛋白序列数据库的构建，通常基于宏基因测序的注释结果或：6S rRNA测序获得的优势物种，因此要做宏蛋白质组项目需要客户提供这些数据，具体要求如下
宏蛋白质组的研究策略主要分为以下几步：首先对样品进行蛋白提取和酶解；接着利用 LC-MS 技术对酶解得到的多肽进行检测；然后利用微生物蛋白质组数据库对质谱检测结果进行数据库检索，得到多肽以及蛋白质鉴定结果；最后进行物种定性定量构成等下游生物信息学分析
宏蛋白质组的微生物菌群样本组成复杂，含有大量杂质，导致蛋白提取困难且在提取过程中容易损失蛋白质，导致获得的蛋白溶液往往浓度较低，且体系中可能存在高盐或高去垢剂的成分。对于这种微量和复杂的体系，我们采用自研的自动化工作站配合前处理试剂盒，仅需50μg菌群蛋白：-3小时即可完成96例的菌群蛋白变性、酶解和纯化全过程，直接获得洁净的肽段用于质谱分析
菌群蛋白前处理自动化流程
尖端质谱联合DIA技术优
宏蛋白质组有两种质谱模式：数据依赖性采集（DDA）和数据非依赖采集（DIA）。DDA对信号强度最高的多个母离子分别进行碎裂和采集；DIA是对所有母离子进行碎裂和检测，具有无偏向性采集的特点，可以更全面的检测菌群蛋白尤其是低丰度蛋白，高重现性和稳定性更适合大队列研究
Zhao J, Yang Y, Xu H, Qiao L. NPJ Biofilms Microbiomes. 2023 Jan 24;9(1):4.&
23年乔亮课题组发表在《NPJ Biofilms Microbiomes》中的文章，比较了DIA与DDA方法的菌群蛋白鉴定。结果发现，DIA相比非标记的DDA（LFQ-DDA），检测的蛋白质和肽多出约80%：5%；相比标记的DDA（TMT-DDA），DIA定量准确性更优
仪器方面，我们拥有最新型的捕集离子淌度（TIMS）质谱仪使蛋白质组分析在鉴定深度精度、定量准确性等方面得到全面提升。此外，最新的高分辨Orbitrap Astral质谱平台擅长高通量、高灵敏度和超深度的蛋白质组定量分析。这些尖端质谱设备结合DIA模式的数据采集为进一步挖掘关键蛋白、物种和功能信息提供了可能
高性能质谱推荐详情另见链接 精准质谱仪器推荐
