PRM 平行反应监测(Parallel Reaction Monitoring,PRM) 是一种基于高分辨、高精度质谱的靶向定量技术， 能够对目标蛋白质、目标肽段（如发生翻译后修饰的肽段）进行选择性检测，从而实现对目标蛋白：肽段的定量 PRM常被称为“质谱领域的 Western Blot 高通量替代WB方法：…
查看原始文章来源 ↗PRM 平行反应监测(Parallel Reaction Monitoring,PRM) 是一种基于高分辨、高精度质谱的靶向定量技术， 能够对目标蛋白质、目标肽段（如发生翻译后修饰的肽段）进行选择性检测，从而实现对目标蛋白：肽段的定量 PRM常被称为“质谱领域的 Western Blot 高通量替代WB方法： PRM可以同时检测几十到上百个蛋 无需抗体即可精准分析目标蛋白质和肽段 通过分析生物样本中特定蛋白质的定量变化，可以识别出与疾病相关的标志物，为个体化医学提供支持
技术原理： PRM利用四级杆质谱选择目标肽段的母离子，在collision cell中进行碎裂，并在高分辨、高质量精度分析器中检测所有碎片，从而实现对 复杂样本中的目标蛋白：肽段进行准确地特异性精确定
一般通过前期蛋白质组或其他实验结果，并结合文献报道、公共数据集分析和临床表型相关性等结果，挑选关键差异蛋白进行验证
样本的前处理包括蛋白的提取，变性，还原烷基化，酶解以及肽段的除盐等过程，具体有不同的方法推荐
1)谱图库构建，挑选目标肽
PRM实验之前需进行谱图库构建，如将每个样品取等量肽段进行混合，然后将mix样本基于DDA/DIA方法进行数据的采集，用于谱图库的构建 根据谱图库，挑选用于目标蛋白定量的标准肽段，一般优先选择Unique肽段、非修饰（翻译后修饰位点验证除外）、无漏切：-25个氨基酸、不含易修饰氨基酸、＞2条肽：蛋白等条件筛选合适的目标肽段用于PRM检测
在正式PRM数据采集之前，需要先进行预实验，将谱图库中筛选出的目标肽段的一级质荷比、离子淌度值、保留时间输入到质谱采集离子列表中进行靶向采集，将采集到的数据进一步进行数据检索来确证目标肽段的鉴定可信度、保留时间、信号质量等。对于信号没有达到预期的肽段，需要进一步去优化色谱质谱参数，如样本分离梯度、离子累积时间、碎裂能量等以求得到高质量的谱图用于正式实验。通常需要不止一次的优化
3）通常PRM蛋白质组是检测目标蛋白的相对定量，如果要检测绝对定量，还需要进行标准肽段的合成、评估和标准曲线的建
4. PRM质谱采集 数据分析 :
采用以上步骤构建好的方法进行样本的定量检测，然后依次进行PRM数据的采集 将得到的质谱原始谱图数据导入专业的分析软件提取子离子信息进行定量，后续再通过统计分析即可计算目标蛋白的丰度表达变化。常见的软件有Skyline和SpectroDive，后者拥有目前最智能化的谱峰提取算法，并能够实现大规模样品的自动化分析，而且操作尤为简单
适用 对象：对非靶向的全蛋白组结果进行定性定量验证，或者对感兴趣的目标蛋白panel进行定性定量检测，可以高通量的实现几十到上百个蛋白质，几个到几百个样品的靶向质谱分析，适用于任何物种及来源的生物样本，常见样本类型和送样量如下：
血清、血浆：100μl（低丰度富集建议2管）
细胞：×10^6个细：管或20μl细胞沉淀/
尿液：建：ml以上尿液浓缩：00μl左右
植物：叶：-300mg-1g；果实、种：-500mg-2g
常规PRM：D-PRM两种方案：分别相对定量验证几十和几百 蛋白
如果需要验证目标蛋白的绝对含量，则需要进行标肽体外合成并做标曲进行PRM验证。另外也可以采用我们的PQ500试剂盒，针对：00种人血液蛋白设计的绝对定量试剂盒，可以一次实验靶向绝对定量约300多种人血标志物蛋白
针对 PRM 靶向 蛋白质组 ，我们搭建了一整套的完整上下游流程，从试剂盒、工作站、深度学习预测平台和软件数据分析，助力临床大队列的靶向蛋白质定量研究
