对于蛋白鉴定结果我们会提供三部分内容，包括项目结果、鉴定报告和结果说明，项目结果中有鉴定表格和每个蛋白的序列覆盖率图。我们的结果查看方式分两类，根据需求自行选择：基于HTML界面的网页查看，适合简单查看分析效果、蛋白列表等信息的用户；基于 线下文档的详细信息查看，适合需要提交数据给杂志或自行分析其他内容的用户
查看原始文章来源 ↗对于蛋白鉴定结果我们会提供三部分内容，包括项目结果、鉴定报告和结果说明，项目结果中有鉴定表格和每个蛋白的序列覆盖率图。我们的结果查看方式分两类，根据需求自行选择：基于HTML界面的网页查看，适合简单查看分析效果、蛋白列表等信息的用户；基于 线下文档的详细信息查看，适合需要提交数据给杂志或自行分析其他内容的用户
接下来我们简单介绍一下整体蛋白鉴定结果：
鉴定报告— 内容包括样品制备、LC-MS检测、搜库和 结果简要总结 ，以及涉及到的设备和试剂耗材
我们主要看鉴定数量统计、整体质控和鉴定表格以及表中的详细定性参数：
如果想要具体了解蛋白信息，可以查看Exel表：
Proteins: 经过前期质控筛选后得到的蛋白列表（筛选了得分、FDR和unique肽数量等
protein peptides: 经过以上筛选的蛋白所对应的肽段列表
peptide: 经过前期质控筛选后得到的肽段列表
de novo only peptide: 在数据库中未检索得到，具有较高可信度的de novo结果的肽段列表
通常 proteins.XLS 文件对客户比较重要：
蛋白鉴定 列表（proteins.XLS
表中提供了详细的鉴定信息，包括以下内容，可能是客户关注的
1 ）鉴定到的蛋白质及其基本信息 包括蛋白Accession、Description、Avg.Mass和PTM等
2： 鉴定置信度： 包括-10lgP、Coverage、peptides和unique等
3： 相对定量信息 实验组和对对照组中的Area
4： 丰度差异统计和功能注释（可选） 计算FC和p-value，对蛋白质的功能、参与的通路、亚细胞定位等注释
更多重要信息请查看鉴定表格与结果说明文档
除了鉴定列表，整体质控也非常关键，我们在鉴定报告和HTML网页中有提供具体的质控内容：
