& & & & 蛋白鉴定，即将样品中的蛋白质混合物酶解肽段，然后采用LC-MS进行准确定性分析，以确定样品中的蛋白组成。基于LC-MS的蛋白鉴定，在多个科研领用中有着广泛应用，可以对目标蛋白、蛋白混合物或相互作用蛋白进行鉴定
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& & & & 最常见的应 场景就是，对IP/Co-IP、Pull-down纯化样品中的蛋白进行准确鉴定，揭示蛋白质间的相互作用关系，可以研究beads沉淀、蛋白溶液和电泳胶条样本；此外，针对非变性电泳条带的质谱检测，还可以帮助发现多聚体或蛋白质复合物的存在形式；通过精确的质谱分析，还可以鉴定蛋白质的翻译后修饰类型，如磷酸化、乙酰化、泛素化等，揭示蛋白质功能的调控机制
& & & & 以下我们将主要介绍IP/Co-IP、Pull-down方法制备的样品进行蛋白鉴定的全流程服务方案
不同实验环节获得的样品，进行质谱蛋白鉴定 Beads沉淀 IP/co-IP：pull-down 等方法结合后的beads样本，不需要进行洗脱，可直接寄送beads样本进行酶解、质谱上机，通过LC-MS/MS 方法对样本进行检测，可同时鉴定目的蛋白及其相互作用蛋白，从而构建与目的蛋白的蛋白质相互作用谱
蛋白溶液 将结合在beads上的蛋白洗脱下来，对蛋白溶液进行酶解，通过LC-MS/MS直接鉴定洗脱下来的所有蛋白质，包括目标蛋白和互作蛋白
胶条鉴定 对于特定目标分子量的样本可进行电泳后切取关注分子量的单一条带（即SDS-PAGE变性胶条或Native-PAGE非变性胶条） 进行胶内酶解（in-gel digestion）， 通过LC-MS/MS对蛋白种类进行鉴定
一、Beads 沉淀（蛋：A/G 磁珠或琼脂糖珠）
优点：操作简单，省去了洗脱、浓缩等步骤，降低蛋白损失，后续直接on beads酶解、质谱检测
缺点：需要根据具体的IP实验过程确定样本是否符合直接进行on beads酶解，如直接on beads酶解不能很好的将结合的蛋白酶解并洗脱下来则需要考虑用特殊的溶液将结合的蛋白先洗脱下来
送样注意事项 1 洗涤beads 孵育完成后，使用wash buffer（不含甘油、Triton、NP-40 ：CHAPS ）清洗样：2-3 次，以去除非特异性结合和干扰物质，离心尽可能去除上清： 寄送样品： 将与beads结合的蛋白样品送样检测即可。注意直接送beads沉淀，不需要再添加裂解液或者loading buffer： 备注信息 送样时请备注beads类型
二、蛋白溶液（非变性或变性蛋白溶液）
优点：基于实验目的将样本洗脱后一部分样本用于质谱检测，另一部分样本可以用于其它实验。可以选择酸洗脱等条件温和洗脱或变性洗脱
缺点：溶液buffer成分可能会影响样品的检测结果并对仪器有损害，如去污剂、盐等，因此在酶解前需去除干扰物质。比如：如果裂解液中含有Triton或者SDS，此方法得到的蛋白溶液后期需要经过处理后才能酶解，处理的过程中会有一定的损失；如果是含有loading buffer或高浓度去垢剂的复杂溶液，需要用SP3磁珠进行处理后才可以溶液酶解
送样注意事项 1 告知buffer成分 如果：IP 过程中使用了 NP-40、Triton、CHAPS 等去污剂，请提前告知。寄送蛋白溶液样品时，必须注明buffer成分，否则无法安排后续实验： 洗脱建议 如果wash buffer中含有去垢剂，在elution之前最好用不含去垢剂的wash buffer洗两遍，然后再elution。洗脱体积不要太大，以免影响后续的实验操作从而影响后续的实验结果
三、胶条（SDS-PAGE 变性胶条或Native非变性胶条）
优点：通过电泳可根据分子量分离蛋白质，并直观切取目标胶条进行蛋白质谱鉴定，去除非特异性蛋白和杂质，提高鉴定准确性
缺点：胶条蛋白前处理过程繁琐，需要多次脱色、清洗、干燥，过程中还会造成角蛋白污染，影响结果
送样注意事项 1 SDS-PAGE 洗干净：protein A/G-beads中加入适量2×SDS loading buffer，沸：100℃煮10分钟。电泳时两个样品之间请加一个空白泳道，避免样品交叉污染。如果需切取目标条带，建议正常跑电泳，切取目标条带到进口离心管中。如果需要切取整个泳道做鉴定，建议跑：-2CM，方便后续实验操作，同时节约样品前处理费用，切取所有条带到进口离心管： Native-PAGE 如果研究蛋白质复合物、多聚体形式，也可以寄送Native胶条： 寄送样品： 寄送胶条样品时，样本中可以加入适量超纯水或者不加任何溶液，冰袋送样
