这里主要介绍DIA / P TM-Phospho / TMT的质控，具体分析内容如下展示 我们对LC-MS系统和定性定量结果进行 4大方面 18个指标的全方位质控，随时把握仪器状态和异常数据排查，以保障结果可信度，尤其是大队列数据
查看原始文章来源 ↗这里主要介绍DIA / P TM-Phospho / TMT的质控，具体分析内容如下展示
我们对LC-MS系统和定性定量结果进行 4大方面 18个指标的全方位质控，随时把握仪器状态和异常数据排查，以保障结果可信度，尤其是大队列数据
雷达图展示整体数据质量。评估RT稳定性、峰宽、每个峰的扫描点数、MS1/MS2质量精度、漏切和定量稳定性共7个维度的指标，并给出质量level：pass、good or excellent。如下图所示，几个维度的数据质量均非常好
下面展示色谱质谱质控的具体分析结果，我们会参考文献和经验给出这些指标的建议阈值：
比如Delta RT：是肽理论和经验RT之间的差异。Delta RT越大，经验值与理论 RT的距离就越远
半峰宽（ FWHM ：展示MS2 碎片离子强度： FWHM ，FWHM 与肽的峰容量成反比
扫描点数：展示每个母离子峰的 MS1/MS2 扫描点数
峰容量：展示色谱柱分离肽的效率。更高的峰容量代表更高和更窄的色谱峰，因此肽分离效果越好
质量精度：展示校准前后的质量精度图。这些图显示了所有鉴定肽在MS1/MS2水平上的质量精度。质量精度的计算方法是将（观测的 m/z - 理论 m/z）除以理：m/z（以 ppm 为单位）。（建议MS1的阈值：<5 ppm，MS2的阈值：<10 ppm
以下展示定性结果质控内容：
鉴定数量：展示每个样品中蛋白质、肽段和precursor的鉴定数
漏气率：展示每个样品中的漏切百分比（建议阈值：<20%;优秀：lt; 10%
电荷分布：展示每个run的离子电荷分布
热图或散点图：DIA 数据分析 通常交付的第一步不进行任何缺失值填充，热图可以展示整体蛋白鉴定情况，白色部分为缺失值，其缺失值比例主要取决于样品情况，其次是整个前处理和数据采集中的重复性。大队列样本会以散点图形式展示缺失值比例
定量分布：展示各个样本归一化前后MS1/MS2水平母离子响应强度分布情况。delta Log10 Quantity的绝对值小：.5比较好，小于0.3更好
定量CV：即变异系数，用于评估组内定量结果的重复性，CV越小，组内重复性越好。该图显示了在蛋白和肽段水平定量值CV的大小。通常情况下，同一样本的技术重复CV值应小于15%。但是对于生物学重复或者临床样本，CV会相对偏高
样本相关性：展示各样品之间肽/蛋白定量相关性。一般组内样本重复性越好，相关性就越高 （同一样品的技术重复的推荐阈值：>0.9；极好：>0.95）
PTM- Phospho
