空间蛋白组根据不同研究目的，有不同的方案设计：解剖结构组织块、空间动态冠状切面： 激光显微切割感兴趣区域或全息切割肿瘤微环境 ，详情方案见链接 空间或单细胞蛋白质组技术方
查看原始文章来源 ↗空间蛋白组根据不同研究目的，有不同的方案设计：解剖结构组织块、空间动态冠状切面： 激光显微切割感兴趣区域或全息切割肿瘤微环境 ，详情方案见链接 空间或单细胞蛋白质组技术方
以下将重点介绍后两者基于激光显微切割的空间蛋白质组分析内容
感兴趣区域空间蛋白组生信分析
按客户需求精准切割特定感兴趣区域（ROI），至少2组比较，比如癌vs癌旁，每组圈选至：个相似（病理）特征的区域作为生物学重复，每个区域：.01mm^2，区域可不规则，圈选形状就是切割形状
空间感兴趣区域的生信分析流程，如下图所示：
更详细的质控和分析内容见 DIA定量蛋白组demo报告
肿瘤微环境空间蛋白组生信分析
实验设计举例 对野生型和疾病模型小鼠的脑切片进行比较（可：，分别取6个组织微环境（A-F，可选）： 每个区域微环境切割约100个网格采样点：00μm*100μm ，通过质谱蛋白质组，可以比较不同组别、不同脑区、以： 区域微环境的空间表达差异
由于全息切割可获得整个微环境的空间蛋白组图谱，因此在分析内容上会额外提供空间特征分析，如下图所示：
首先对不同区域所有采样点的蛋白鉴定数量进行统计，并分析不同区域的蛋白分布特征，获得不同区域间的蛋白质组相似性和异质性。后续可以对各个区域做空间分布特征分析，识别出不同的空间表达聚类（cluster）。接下来筛选不同cluster的marker蛋白，并对这些空间特异性表达分布marker蛋白进行功能富集，刻画空间区域的生物学功能和状态。最后，可以对marker蛋白做聚类热图，清晰展示空间异质性的表达分布
空间蛋白质组 数据分析 的部分demo展示
单细胞蛋白组根据不同研究目的，也有不同方案设计：比如常见的胚胎发育研究以及肿：炎症细胞异质性研究，详情方案见链接： 空间或单细胞蛋白质组技术方
以下将分别介绍两种研究方向的分析内容
以研究胚胎发育为例： 客户提供单细胞样本， 至少2组比较，每组至少3例单细胞样本作为生物学重复
参考文献： DOI:& 10.1016/j.cell.2024.12.028 ；DOI:& 10.1016/j.mcpro.2022.100267
生信分析流程，如下图所示： 更详细的质控和分析内容见 DIA定量蛋白组demo报告
以研究肿瘤微环境为例 客户提供流式分选或其他方式获得的单细胞样本 也可以直接提供原始组织样本，以研究肿瘤微环境的单细胞异质性，建议：00例单细胞样本
生信分析流程，如下图所示：
