SN15 及以上版本支持两种定量算法， Quant 2.0 MaxLFQ 。默认参数（ Automatic ）下 SN 会根据提交的数据规模选择合适的定量算法，即提交的数 < 500 run 的情况下，默认采 MaxLFQ 定量算法；如果大 500 run 则默认采 Quant 2.0 算法
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对于非标定量来说一个主要的问题是选择哪些肽段更有助于准确的确定样本间特定蛋白的丰度。最简单的方法则是将该蛋白所鉴定到的所有的肽段的定量值加和，或者是取平均。亦或是挑选信号强度排名靠前的某几条肽段加和或者取平均 SN Quant 2.0 默认挑 Top1-3 的肽段定量值（ PEP.Quantity ）取平均值作为蛋白的定量值（ PG.Quantity ），如下 1a 所示：
如果用户需要查看蛋白定量的方法以及用于蛋白定量的肽段，可以 Report 视图下（如图 1b ），选中 Normal Report 模板，在 Columns 下勾选需要导出的内容，关键的几列如图 1a 中所 E.LFQMethod 则为当前数据所采用的定量算法； PG.Quantity 列则为对应蛋 group 的定量值； PEP.Quantity 列则为对应蛋白在当前样本中所检测到的肽段的定量值； PEP.UsedForProteinGroupQuantity 则显示当前的肽段是否用于蛋白定量值的计算
Weisser H. & Nahnsen S. & Grossmann J. & Nilse L. & Quandt A. & Brauer H. & Sturm M. & Kenar E. & Kohlbacher O. & Aebersold R. & Malmstrom L. & An automated pipeline for high-throughput label-free quantitative proteomics. & J. Proteome Res. 2013
2 MaxLFQ 定量算法示意
3. SN 导出的经 MaxLFQ 算法计算出的定量结果示例
Spectronaut 关于PTM DIA的位点定位算法和定量输出
Spectronaut 19--PTM数据位点水平信号归一
Spectronaut中数据归一化策
软件资料 - Spectronaut中定量策
