Re-analysis of SARS-CoV-2 infected host cell proteomics time-course data by impact pathway analysis and network analysis. A potential link with inflammatory response.

题目：重新分析 SARS-CoV-2 感染的宿主细胞蛋白质组学时间过程数据，发现其与炎症反应的潜在联系

DOI: 10.18632/aging.103524

摘要：这种被称为冠状病毒病 19 (COVID-19) 的疾病，它已经严重打击了世界，并导致史无前例的健康和经济危机。为了开发能够阻止或改善 SARS-CoV-2 影响的治疗方案，我们需要了解细胞内病毒的生物学特性，但此类研究仍然很少。最近的一项研究调查了 SARS-CoV-2 在体外诱导的翻译组和蛋白质组宿主细胞变化。在本研究中，我们使用公开可用的蛋白质组学数据，通过iPathwayGuide软件影响途径分析和网络分析， 重新分析病毒感染改变的机制。

结果发现与炎症反应相关的蛋白质以及与有丝分裂期间染色体分离相关的蛋白质都受到调节。 与此同时，观察到的炎症相关蛋白的上调可能与在 COVID-19 患者晚期观察到的炎症反应和肺损伤的传播有关。

相关结果：

网络分析，包括 Caco-2 细胞受到 SARS-CoV-2感染 后 24 小时的 125 种差异表达蛋白。包括激活、结合、催化和抑制调节相互作用。 (a) 隐藏孤立节点的网络。 (b) 具有 RANBP2 相互作用的六蛋白质子网络，显示六种蛋白质每个时间点的表达变化。以上为iPathwayGuide软件来完成。

Evaluation of global gene expression in regenerate tissues during Masquelet treatment

题目：治疗期间再生组织中全局基因表达的评估

DOI: 10.1002/jor.24676

摘要：使用大鼠模型，文章比较了根据 Masquelet 环境的全局基因表达谱。对组织进行 RNA 分离、测序和差异表达分析。细胞类型富集分析表明，IM 和聚甲基丙烯酸甲酯 (PMMA) 间隔物旁边的骨骼相对富集了成骨细胞基因。不愈合环境中先天性和适应性免疫细胞标记物相对丰富，但在 Masquelet 环境中只有巨噬细胞是明显的。

iPathwayGuide 被用来识别在 Masquelet 环境中丰富的细胞信号通路和蛋白质相互作用网络，揭示了已知有助于成骨机制的通路和网络的大量富集。其结果表明 PMMA 垫片影响与其接触的切割骨端，同时诱导异物反应和 IM 的形成。空缺缺损中的 B 细胞表明对大节段性截骨术的慢性炎症反应。

相关结果：

RNA 测序提交到了 Advaita Bio 的 iPathwayGuide (https://www.advaitabio.com/ipathwayguide) ，以识别在 Masquelet 环境中富集的通路和蛋白-蛋白相互作用网络。首先，iPathwayGuide 用于生成差异表达基因的汇总火山图。

接下来，将 iPathwayGuide 的“通路”功能应用于每个比较的整个差异表达基因列表。 iPathwayGuide 使用影响分析（impact analysis）方法识别显著丰富的通路，该方法基于基因的过表达及其对该通路中信号传导的计算累积影响。

最后，iPathwayGuide 的“网络”功能应用于整个差异表达列表基因和显著丰富的信号通路。 蛋白质相互作用网络从 iPathwayGuide 导出到 Cytoscape v3.7.2，以生成其他个性化的图表。

Whole genome methylation and transcriptome analyses to identify risk for cerebral palsy (CP) in extremely low gestational age neonates (ELGAN)

题目： 全基因组甲基化和转录组分析，以确定极低胎龄新生儿 (ELGAN) 脑瘫 (CP) 的风险

https://doi.org/10.1038/s41598-021-84214-9

早产仍然是脑瘫 (CP) 的主要可识别风险因素，这是一种由于出生时发生的发育性脑损伤导致的破坏性运动障碍形式。我们进行了全基因组甲基化和全转录组分析，以阐明极低胎龄新生儿 (ELGAN) CP 的早期发病机制。

我们评估了在 ELGAN 中促红细胞生成素对神经保护作用的随机试验期间收集的外周血细胞标本（PENUT 试验，NCT# 01378273）。 DNA 甲基化数据是从 94 名 PENUT 受试者（n = 47 CP vs. n = 47 Control）在出生的第 1 天和第 14 天采集的样本。基因表达数据来自 56 名受试者的子集。

iPathwayGuide 荟萃分析确定了在甲基化降低的情况下 JAK1 表达的相关上调，这在对照受试者而非 CP 受试者中观察到。对整个转录组数据的评估确定了几个具有潜在临床相关性的主要途径，包括产热、铁死亡、核糖体活动和其他区分 CP 与对照的神经退行性疾病。

相关结果：