随着下一代基于DIA/SWATH策略的蛋白质组学的蓬勃兴起，越来越多的临床、医学研究开始采用该策略进行组学研究，而其中数据质量和分析成了关键性的因素。最新一篇Nature Biotechnology 文献对相关软件进行了比较，标题为 “A multicenter study benchmarks software tools for label-free proteome quantification”。

这篇文章开发了一款可以用来平行对比不同DIA软件效能的工具，如定性能力、自动化能力和各方面定量的正确性。

作者评估了五种最常用的DIA/SWATH数据处理软件：OpenSWATH, SWATH2.0, Skyline, Spectronaut 和 DIA-Umpire并加入了Biognosys iRT Kit 进行样品的保留时间归一化。

结果显示Spectronaut 软件表现出色，在多次平行实验间实现了非常低CV和高灵敏度。而同时OpenSWATH也得到了最低的假阳性结果。和其他软件相比，Spectronaut 完全采用软件默认设置，没有进行人工优化。意味着用户可以在缺乏软件调试经验的情况下就能得到理想结果。另一个显著地优势在于Spectronaut 的分析速度超快并且并不需要非常强力的计算机硬件。我们有相应技术文档进行介绍： 点击下载

总的来说，该文章的结论证实了DIA/SWATH策略能够同时实现高蛋白质组覆盖度、高重现性和精确定量。就像该领域的先驱Ruedi Aebersold教授说的： “As soon as you are in the range of 6’000, 7’000, 8’000 proteins credibly and quickly measured, you have a terrific tool for biology and clinical research”.

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HRM超反应监测