组织与体液联合蛋白组研究

服务特色

较大体液队列配合较小组织子集时，可先用组织定位候选及分析病理关联，再在体液队列中评价其分布和复现情况。连续体液配合治疗前组织时，组织描述基线病灶，体液记录患者内响应。前者侧重候选的人群表现，后者侧重起始特征与治疗过程的关系。

多区域组织采用患者内模型分析局部差异，或按预设方式汇总为患者层指标；组织与体液的相关性在配对患者中估计。外部细胞和组织图谱用于解释蛋白来源，病理染色用于验证位置，临床变量用于患者分层、协变量校正或预测建模。

易算生物分析示例

分析项目

共同分析 样本层级与单层定量

• 患者与样本关系：连接组织部位、病理区域、体液基质、采样日期和临床分组，形成患者层、区域层及时间点的对应和分析集合。
• 组织与体液鉴定覆盖：分别统计两类样本的肽段、蛋白数量和检出比例，展示共有特有蛋白、丰度范围及候选在不同基质的覆盖。
• 基质内预处理与质量分布：分别组织组织、血浆、血清及局部体液的丰度和缺失处理，结合混合质控、批次及样本组成展示数据分布。
• 整体结构与样本差异：采用主成分分析、相关性和热图展示各基质的样本关系，结合组织纯度、溶血和采样条件分析主要变异。
• 蛋白差异与功能注释：按临床分组、组织配对及协变量建立模型，输出效应、区间和校正结果，并开展功能富集及主要通路成员展示。
• 靶向与正交检测分析：结合PRM、MRM或免疫检测复测候选，评价检出范围、线性、精密度和分子变化，整理跨检测方法的对应结果。

共同分析 组织 体液及模块对应

• 同患者蛋白与模块关联：在完整配对子集中估计组织指标与体液蛋白的Spearman或偏相关，输出有效样本数、调整变量和关联散点图。
• 跨队列效应与模块对应：在疾病定义及主要分层相匹配的组织、体液队列中比较效应和功能模块，展示共同成员、方向及临床关联。
• 组织与多种体液比较：拥有组织、局部体液和外周血时，分别统计各基质候选的检出、效应及患者层关系，形成多基质结果图谱。

方向一 病灶相关体液标志物发现

• 病理相关组织候选：比较病灶与适当参照组织，并分析蛋白与病理程度的关系，结合体液覆盖形成具有病理关联的初始候选。
• 临床鉴别对象比较：在体液队列中比较目标疾病与良性病变或相关疾病，纳入年龄、性别及器官功能，输出候选的效应与个体分布。
• 联合候选排序：综合组织病理关联、体液效应、配对关系、检出率和复测可行性，形成候选列表及组织与体液效应对照图。
• 临床模型增益与独立验证：按患者划分训练和测试数据，比较临床变量与加入体液蛋白的模型，输出区分度、校准及独立队列表现。

方向二 体液候选的组织定位与机制追踪

• 候选在病理区域的表达：围绕已有体液候选分析其组织可检测性，结合病理标注及免疫组化或荧光结果，展示候选的区域分布。
• 多区域与体液浓度关联：通过患者层级模型估计区域差异，再将区域特征汇总为患者指标，与体液连续浓度及临床表型进行关联。
• 细胞背景与功能候选：结合细胞图谱、转录背景和分泌相关信息解释候选分布，整理适合培养上清、类器官或干预研究的分子。

方向三 局部病灶与全身反应联合研究

• 局部病理功能模块：从组织蛋白中构建共表达模块或评价指定生物过程，结合病理活动度、损伤程度和细胞组成输出模块特征。
• 体液系统反应模块：分析体液中免疫、代谢及器官损伤相关蛋白集合，展示模块或过程评分与患者严重程度及临床阶段的关系。
• 器官与血细胞来源评分：依据器官富集蛋白集合及血细胞参考计算体液评分，展示对应成员、丰度分布和对总体评分的影响。
• 组织、体液与临床联合关联：在患者层关联局部模块、系统反应模块和器官功能，比较协变量调整前后效应，输出关联矩阵和区间。

方向四 组织分型与体液对应分层

• 已知组织分型比较：按病理类别或已有分子标签比较组织与体液特征，结合分期、治疗及取材区域呈现各亚群的蛋白和通路差异。
• 探索性组织分型：通过一致性聚类等方法探索组织亚群，评价重采样稳定性、组织组成及批次影响，并在独立数据中检验特征。
• 组织模块向体液映射：分别评价组织模块成员在体液中的可检测性、模块保存性与临床关联，输出模块映射图及体液过程评分。
• 体液分类与分层评价：在具有组织标签的患者中建立简化体液特征，展示各亚群识别表现、混淆矩阵及独立队列评分分布。

方向五 治疗反应与耐药相关变化

• 基线疗效相关特征：以治疗前组织、体液及临床变量分析后续应答，结合治疗方案、线数和基线负荷输出候选及效应区间。
• 连续体液患者内轨迹：按实际治疗天数或疗程组织连续采样，用混合效应模型描述蛋白变化，输出个体轨迹与群体趋势。
• 时间与应答交互分析：比较应答和非应答患者随治疗发生的不同变化，估计时间、应答组及交互效应，展示差异轨迹及候选分布。
• 重复组织与耐药过程：比较治疗前后或进展时组织蛋白和模块，关联对应患者的体液变化，整理药物响应及耐药相关功能候选。
• 疗程中动态预测增益：在指定治疗节点使用此前获得的信息评价后续应答，比较基线与动态模型，并展示采样完整度及性能区间。

方向六 疾病进展与术后复发研究

• 基线风险与生存关联：以手术或预定治疗节点为起点，结合随访时间和删失信息分析组织、体液及临床特征，输出风险效应与区间。
• 术后及随访体液轨迹：分别组织术后恢复期和长期随访样本，比较患者内蛋白变化及其与后续进展、复发事件的时间关系。
• 指定时点动态风险：采用landmark模型评价随访节点之后的事件风险；重复测量及事件数充分时，开展纵向与生存联合模型分析。
• 竞争风险与时间窗表现：根据死亡与复发的事件关系开展竞争风险分析，并在预定时间窗评价区分度、校准及相对于临床因素的增益。
• 提前发现与外部验证：结合复发前采样和临床确诊日期计算提前发现时间及误报表现，按相同预测起点和终点开展独立队列验证。

研究方向 01 病灶相关体液标志物发现

适用于已获得病灶组织和治疗前体液，希望寻找具有病理依据的体液候选的项目。组织检测识别与病灶状态相关的蛋白，体液检测评价候选在目标人群中的可检测性与分组表现。诊断研究按照实际鉴别问题选择病例与临床对照，例如同样因结节、肿块或器官功能异常进入检查流程的人群，并保留参考诊断及采样时的临床状态。

样本设计优先获得同患者、同临床阶段的组织与体液，组织参照可按问题选择邻近区、非病灶区或其他适当组织。完整配对子集用于患者层关联，较大体液队列用于候选比较和验证。病灶与参照组织按患者配对进行统计，体液按病例与鉴别对象建模，并纳入与疾病有关的年龄、性别、器官功能及其他变量。在配对患者中，进一步评价同一蛋白或预设功能模块在组织与体液之间的关系。

候选按组织病理关联、体液效应、定量覆盖和复测可行性排序，同时列出两类样本中的变化方向。组织与体液效应对照、配对散点及候选清单用于查看病理相关性和体液分布；预测模型进一步评价蛋白相对于临床变量的增益。面向体液检测的模型使用检测时可获得的体液和临床输入，组织结果用于筛选和解释候选；固定组合可通过靶向质谱、免疫检测或独立人群评价。

研究方向 02 体液候选的组织定位与机制追踪

适用于体液研究已经形成候选清单，需要进一步确定候选对应哪些病理区域、组织成分或细胞相关过程的项目。研究从已有体液发现出发，根据候选的临床关联和可测性选择组织检测范围。组织可以采用常规蛋白组、病理微区蛋白组或定位染色，分别承担患者间比较、区域比较和位置验证。

样本选择覆盖候选体液水平的分布、主要病理类型和关键临床结局，并保留候选的连续浓度及抽样依据。病理标注确定病灶、间质、炎症或其他相关区域，多区域取样通过患者编号相连。分析先检查候选在组织中的检出和区域表达，再利用多层模型区分患者内区域差异与患者间差异，将区域特征汇总为患者层指标，与体液水平、病理程度及临床变量进行关联。独立组织队列可用于复现定位和表达特征。

组织结果展示候选在病理区室中的分布和区域差异，并估计患者层组织指标与体液浓度的关系。细胞组成和外部转录图谱提供表达背景，蛋白实际位置由组织蛋白测量或染色确定。研究释放、分泌或囊泡相关过程时，可进一步检测培养上清，或在类器官及干预实验中比较候选随处理的变化；相应方案列出目标蛋白、病理区域、实验处理及对照条件。

研究方向 03 局部病灶与全身反应联合研究

适用于炎症、纤维化、重症及多器官疾病等课题，研究局部病理过程与患者免疫、代谢或器官损伤状态的关系。组织蛋白组描述病灶内细胞组成与功能，体液蛋白组描述循环中来自病灶、其他器官和血细胞的综合变化。分析可重点评价蛋白或功能模块与病理活动度、损伤程度及临床器官功能的关联。

组织分组围绕明确病理等级或疾病阶段设置，体液在相近临床状态下采集，结合感染、药物和器官功能资料开展比较。急性过程可增加关键阶段的连续体液。组织与体液分别提取疾病相关蛋白和功能集合；样本规模及数据覆盖适合时，构建具有稳定性的共表达模块。随后在患者层分析组织模块、体液模块与临床指标的关系，并通过协变量调整评价疾病严重程度和器官功能对结果的影响。

来源分析比较器官富集蛋白、血细胞参考及项目组织蛋白的覆盖和成员变化，列出各集合中的代表蛋白。模块与表型关联图、器官相关体液信号、个体分布及调整前后效应，可显示局部病理活动与循环反应的关系。病灶损伤和全身炎症研究分别报告组织模块、体液模块及其与临床状态的关联，以确定需要在组织中定位、在细胞中干预或在独立队列中复现的候选。

研究方向 04 组织分型与体液对应分层

适用于同一疾病存在不同病理类型、免疫状态或代谢特征，希望评价体液能否反映这些差异的项目。已有病理分型时，可以直接比较类别对应的组织与体液特征；探索性分型时，先在组织蛋白组中识别具有稳定分子模式的患者亚群，再评价体液中可检测的对应信号。已知分型采用组间比较，探索性分型采用聚类并评价亚群稳定性。

发现组织队列保留病理类型、分期、治疗、组织纯度与取材区域，配对子集同时检测体液。组织分层结合降维、聚类、重采样和独立数据评价，检查亚群在不同批次及病理背景中的稳定性。随后把亚群相关蛋白或模块映射到体液，比较成员的可检测性、共同变化模式和临床关联。体液分类分析按患者划分训练与测试，标准化、特征选择和参数估计在训练部分完成，并分别评价各亚群的识别情况。

组织亚群结果包括分子特征、病理与临床分布，以及对应的体液蛋白组合。组织和体液模块的关联用于比较共同生物学过程，体液分类器评价亚群识别能力；若体液特征反映连续的免疫或代谢变化，可计算过程评分，分析其与疾病活动、疗效或结局的关系。独立样本采用相同分层定义和采样条件，检验候选特征、评分或分类器能否复现。

研究方向 05 治疗反应与耐药相关变化

适用于具有治疗前组织、基线体液及治疗期间样本，希望同时研究起始病灶状态和药物响应的项目。基线组织与体液用于评价后续疗效相关特征，连续体液用于描述患者内变化；治疗中、手术时或进展时可获得的组织，则用于研究病灶在治疗过程中的改变。方案以明确治疗策略、疗效标准和采样阶段为基础，分别设置基线关联与动态响应问题。

样本按治疗前、早期疗程、首次疗效评价和进展等节点安排，记录剂量、治疗线数、联合用药、病灶负荷、影像日期和组织取材部位。分析使用治疗前变量评价后续应答，并通过混合效应模型检验时间、应答分组及其交互关系。对于不等间隔取样，采用实际治疗天数描述轨迹。重复组织分别估计蛋白与模块变化，再与同患者体液轨迹关联；各时间点的有效患者数与采样覆盖同时展示。

基线分析列出疗效相关候选，纵向分析估计早期和持续响应，并比较应答与非应答患者的变化轨迹。组织模块可用于研究病灶改变及耐药相关过程。指定疗程时点的预测仅使用该时点及此前已取得的信息，并评价动态体液相对于基线临床和蛋白信息的增益。进展期组织与体液用于描述进展相关状态，候选蛋白和通路可通过靶向复测、定位染色或药物及遗传干预继续研究。

研究方向 06 疾病进展与术后复发研究

适用于具有手术或活检组织、基线体液和长期随访，研究复发、器官功能下降或其他临床事件的项目。组织记录初始病灶状态，基线体液用于评价未来风险，随访体液用于分析患者内变化及其与事件的时间关系。方案分别确定基线预测起点、随访分析节点和事件定义，使研究结果与实际随访用途相对应。

样本资料保留手术、治疗结束、复发、末次随访及死亡日期；连续体液按术前、恢复期和后续随访采集，并注明采样相对于事件的时间。基线风险分析采用生存模型保留随访时间及删失信息，将组织与体液候选分别与临床因素比较。动态分析可以在预定随访节点建立landmark模型，即利用该节点及此前的信息预测后续时间窗事件；重复测量与事件数量充分时，可进一步采用纵向与生存联合模型。死亡影响复发观察时，将相应竞争事件纳入评价。

结果包括基线风险相关蛋白、组织病理特征、随访轨迹和指定时间窗的风险表现，并提供效应区间、区分度、校准和临床增益。独立验证保持相同起点和结局定义。若研究需要评价提前识别，依据事件发生前的采样与临床确诊日期计算提前时间，并同时报告固定判定规则下的检出与误报情况。结果用于确定前瞻性研究的采样窗口、观察终点、重点候选及靶向检测组合。

样本组合与检测配置

同患者、相同临床阶段的组织与体液可用于配对关联。部分配对项目在完整子集中估计组织与体液关系，其余样本用于各自队列的分组比较；独立组织和体液队列则按相同疾病定义、分层及终点比较共同候选与模块。多区域取样保留患者、切片和区域的对应，分别统计患者数、组织区域数及体液时间点数。

FFPE组织适合结合病理资料与随访开展回顾性研究，新鲜冷冻组织可结合目标扩展修饰组研究。血浆、血清、尿液、脑脊液或其他局部体液采用与基质匹配的前处理和质量评价。局部体液与外周血联合时，先在各基质中评价疾病变化，再研究同患者的蛋白或模块关系。

基础发现可采用组织与体液分别实施的DIA蛋白组。需要区分病理区域时增加微区检测，需要扩大目标蛋白覆盖时评估去高丰度或其他富集方案。候选验证依据检测用途安排PRM、MRM或其他适配方法，内标、线性、精密度及定量范围结合具体目标评价。实际样本用量、体液体积、检测数量和验证范围在研究设计中明确。

联合分析的共同方法

组织与体液分别完成鉴定、定量、归一化及批次质量评估，再在对应层级开展联合分析。独立患者、患者内配对、多区域及多时间点分别采用适当模型，结果记录效应量、区间、有效样本数和多重检验指标。功能分析保留实际可检测背景，模块分析结合数据规模与稳定性选择方法，候选相关同时报告分组及相关临床因素的调整结果。

预测任务按患者划分训练与测试数据，特征选择和参数估计在训练数据内完成，并比较加入蛋白信息后模型相对于临床变量模型的增益。来源解释综合病理标注、器官或细胞参考及项目内蛋白证据，空间或转录数据分别承担定位对照与表达背景解释。结果分别报告蛋白效应、模块特征、区域差异及患者或队列层关联，并列出对应的候选蛋白。

多中心或分批检测时，安排跨批次桥接样本和各基质混合质控，并平衡制备及上机批次中的患者分组、中心和采样时间。新增验证样本采用与目标用途匹配的检测方案，以共同候选和稳定参考评价跨批次及跨中心的一致性，估计检测差异对患者比较的影响。

图解与研究示例

组织—体液样本关系示意图展示三种常见配置：同患者同阶段配对、组织子集与较大体液队列、治疗前组织与连续体液。三种配置分别适合患者层关联、候选解释与人群评价、基线特征与动态响应研究。

肝组织与血浆的已发表实例同时展示检测交集、患者配对相关和病理阶段变化，可用于理解组织候选与循环蛋白的对应关系。结直肠癌实例展示西妥昔单抗治疗期间的血浆变化、应答分组及独立样本评价，说明连续体液如何用于疗效研究。

项目启动资料

提供主要研究问题、现有样本清单、保存形式、患者配对情况、组织病理信息和体液采样时间。临床表保留分组、病理评分、治疗、器官功能、事件日期和末次随访；多区域及连续样本使用稳定患者编号。已有组学结果可提供定量矩阵、样本对应表、检测与分析参数，便于确定哪些内容可继续使用以及需要补充的样本或检测。

服务流程

根据临床用途及样本资源确定六类方向中的主要问题，并安排组织取材、体液采样及验证检测。两类样本分别完成定量和组间统计，再按设计开展配对关联、模块比较、患者分层或纵向分析。报告列出各项比较的样本范围、效应及图表，并将重点蛋白对应到后续定位、靶向检测或功能实验。

交付内容

交付研究设计说明、组织与体液定量矩阵、质量评估、核心统计比较、配对关联、模块与来源解释及约定的模型结果。候选清单列出其在不同样本中的定量覆盖、变化方向、病理关系和复测信息；预测或监测项目另提供变量定义、使用时点、性能区间与验证表现。图表同时提供作图数据，分析说明记录数据库、软件版本、过滤、归一化、模型及参数，便于后续扩展样本和复核结果。

项目咨询：请提供研究问题、样本类型与数量、分组设计及相关病理、临床或配套组学资料。多组学与生信定制咨询：multiomics@omicsolution.com。

图文示例

图文为分析方法、公开数据再分析或研究示例。示例中的样本数量、效应和模型性能对应各自数据与分析条件，不代表其他项目的结果保证。服务用于科研；候选关系与预测结果不能替代机制验证、独立队列验证或临床诊断。

图2 已发表研究示例 肝组织与血浆的蛋白对应

Niu L, et al. Nature Medicine, 2022，Fig. 3。CC BY 4.0：https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ 。

检测交集表明哪些蛋白在肝组织和血浆中均可测到，配对相关显示其在患者间是否共同变化，病理分层则比较疾病阶段的丰度差异。这些结果从覆盖、患者关联和病理关系三个方面描述组织与血浆蛋白的对应。

图3 已发表研究示例 治疗期间的连续血浆蛋白变化

Li Y, et al. Nature Communications, 2024，Fig. 5。CC BY 4.0：https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ 。

连续采样将血浆蛋白变化与西妥昔单抗治疗阶段及应答状态对应。候选发现和蛋白组合建模评价分组信息，后续时点及纵向验证队列则用于观察变化能否持续或复现；图中不同部分对应不同样本集合和评价目的。

图4 分析展示 候选蛋白的 HPA 类别注释

易算生物分析示例

左侧 HPA 注释把同一批候选按分泌、膜、胞内和疾病相关等类别标记，主体热图保留各样本的蛋白丰度。两者并列，可查看某类蛋白是否具有相近的样本分布；具体组织来源还需由相应组织的检出及定位结果确定。

图5 分析展示 共表达模块与临床指标的关联

易算生物分析示例

每个共表达模块用成员蛋白第一主成分概括为样本得分，再与临床指标逐项相关。颜色显示方向和强度，气泡大小显示统计支持程度；同一模块的一行便于比较它关联哪些指标，同一指标的一列则显示涉及哪些模块。

图6 分析展示 临床相关蛋白与模块的对应

易算生物分析示例

Sankey 连接临床指标、相关蛋白及共表达模块，可查看一个指标是否关联多个模块，以及模块中的哪些蛋白与该指标对应。连线展示对应关系，具体相关方向及强度在相应统计表中查看。

图7 分析展示 功能模块中的蛋白关联网络

易算生物分析示例

模块背景标出蛋白所属功能，节点颜色显示各成员的丰度变化，数据库连线给出已知功能关联。可逐个模块比较成员是否同向改变，并定位跨模块连接的蛋白，以查看某一功能变化涉及哪些具体分子。

图8 分析展示 功能集合内的蛋白效应分布

易算生物分析示例

曲线偏移和分布宽度分别显示集合内蛋白的效应方向及离散程度，单个点保留成员差异。同一集合中同向和反向变化可并列查看，有助于区分多数成员共同偏移与少数大效应蛋白造成的分布变化。

图9 分析展示 总体与临床亚组的蛋白相关模式

易算生物分析示例

同一蛋白在总体及各亚组中的系数并列，能够比较关联方向是否一致、强度是否随临床状态改变。总体关联较强而亚组内较弱时，可进一步分析分组构成及相关临床变量的影响；模式一致的关联可进一步在独立样本中检验其重复性。