同一患者在基线、治疗早期及后续访视的体液样本，能够描述蛋白变化出现的时间、持续程度和恢复过程。本服务按实际采样记录建立纵向数据，使用重复测量模型估计患者内变化、总体时间响应和治疗组间的变化差。单蛋白轨迹与多蛋白效应同时报告，明确不同动态模式涉及的分子、时点和临床阶段。
适用研究场景
治疗队列可以围绕给药前、早期疗程、疗效评价及进展阶段采集血浆或血清，研究蛋白变化出现的时间、持续程度及其与治疗组的关系。围手术期或疾病恢复项目可按明确临床节点组织连续体液，评价急性变化与后续恢复的分子特征。
有对照组的干预研究比较两组相对基线的变化，观察性队列则按疾病活动度、临床指标及实际采样日期估计时间效应。已有重复采样资料按访视覆盖和蛋白检出情况确定主要分析窗口，报告各阶段的可用患者、动态幅度及估计精度。
服务特色 保留患者内变化与群体差异
患者编号将多次体液检测关联为连续记录，个体轨迹保留基线水平和各次变化。重复测量模型估计时间与治疗相关效应，模型均值及区间与患者观测并列绘制，显示群体趋势对应怎样的个体响应，以及患者间变化方向和幅度的差异。
分析分别报告共同时间响应、组间变化差及各组内部变化。共同响应描述研究时间窗内的平均分子变化，时间与治疗交互描述两组轨迹的差异，组内结果则给出各治疗条件下的变化方向和幅度。联合比较这些统计量，可判断候选蛋白何时发生变化，以及两治疗组的变化是否不同。
分析项目
访视覆盖与纵向数据
- 患者访视覆盖：按治疗组和计划访视统计可用患者及样本，绘制访视数量和患者采样记录图。
- 实际采样时间整理：对应患者编号、实际采样日、给药周期及临床事件，形成可用于时间模型的纵向数据。
- 各访视定量深度：比较不同时间点和治疗组的可定量蛋白数，描述纵向检测覆盖的变化。
- 蛋白跨访视覆盖：按访视与治疗组组合统计各蛋白检出率，形成用于纵向比较的蛋白集合。
- 患者缺失模式：展示持续完成、间断缺失和提前结束随访的采样模式，并结合其临床背景选择模型数据。
患者内轨迹与模型均值
- 单患者蛋白轨迹：连接同一患者各次采样丰度，展示个体起点、变化方向和随访期间的波动。
- 患者重复测量模型：采用随机效应等适用模型处理同一患者的相关记录，估计时间和治疗相关变化。
- 访视与治疗组模型均值：为各访视和治疗组计算蛋白丰度估计及95%置信区间，与个体观测共同展示。
- 基线状态调整：根据随机试验或观察队列设计设置基线关系，纳入预设临床因素以估计对应条件下的纵向变化。
总体时间效应
- 跨访视总体检验：联合检验预定随访时点的时间效应，筛选在研究时间窗内发生变化的蛋白。
- 指定访视相对基线变化：分别估计每个预定访视相对基线的平均变化，报告效应量、置信区间及校正统计量。
- 共同变化蛋白展示：以火山图、森林图和蛋白轨迹呈现总体时间变化，比较早期出现与持续存在的结果。
- 额外候选时间轨迹：对重点候选补充各患者和模型均值曲线，描述相同总体变化下的个体差异。
治疗与时间交互
- 时间与治疗交互总体检验：联合分析治疗组间跨访视变化的差异，输出动态响应相关蛋白及统计结果。
- 指定访视组间变化差：估计两治疗组从基线到同一访视的变化差值，报告方向、幅度及95%置信区间。
- 各治疗组内变化：分别计算各组在不同访视相对基线的变化，展示共同趋势与组别相关变化的组成。
- 交互蛋白轨迹：将组间动态差异与患者内观测及各组模型均值共同展示，比较差异出现的时间及持续范围。
- 治疗相关效应汇总：使用森林图和效应结果表汇总不同访视的组间变化差，便于按时间比较同一候选。
多蛋白纵向结构
- 模型变化热图：以各治疗组、各访视相对基线的模型估计绘制热图，统一显示变化方向和幅度。
- 共同与交互变化分类：根据总体时间效应及交互效应组织蛋白，形成共同响应和治疗相关动态两类结果。
- 多蛋白固定效应分解：利用重复测量ASCA类方法分解时间与交互组成的合并固定效应矩阵，归纳多蛋白协同变化结构。
- 效应坐标与解释率：展示访视与治疗组组合在固定效应空间中的位置，以及各成分解释的效应变异比例。
- 蛋白载荷与贡献：排列固定效应成分的蛋白载荷，确定对多蛋白纵向结构贡献较高的候选及其变化方向。
研究场景关联与结果提供
- 疗效及疾病阶段对应：在具有早期疗效、疾病负荷或进展资料时，将蛋白轨迹与相应临床时间窗口进行关联。
- 个体与群体结果提供：分别汇总患者内观测、蛋白层时间效应、组间变化差和多蛋白结构，提供结果表与图件。
分析解读 从访视覆盖建立纵向比较
纵向分析先对应计划访视、实际采样日、给药周期和临床事件，分别展示各组各访视的样本数、蛋白定量深度及患者采样记录。蛋白覆盖按访视与治疗组的组合统计，使进入模型的分子能够支持预定的时间及分组比较。
完整、间断及提前结束的采样记录分别汇总，并注明相应临床背景。重复测量模型利用可用观测估计主要时间对比，补充分析评价不同采样模式对应的人群构成及其影响。连续访视保持体液类型、采集方式和处理条件一致，检测批次分配同时考虑患者与访视时间。
分析解读 总体时间变化与指定访视效应
对每个蛋白建立时间模型，先联合评价研究时间窗内的总体变化，再估计指定访视相对基线的效应及置信区间。总体检验汇总多个访视的信息，具体对比定位变化出现的阶段，二者配合可以区分早期升降、持续响应和后期恢复等模式。
随机试验和观察性队列按各自设计设置基线关系及临床调整变量，采样间隔差异较大时采用实际时间建模。单蛋白图叠加患者丰度、各组模型均值与区间，使相近的平均效应所包含的个体方向、变化幅度和患者间离散程度均有对应观测。
分析解读 治疗组动态差异
时间与治疗交互用于比较两组在随访过程中的变化轨迹。分析可以联合检验多个时间点的交互效应，再分别估计各访视的组间变化差，即一组相对基线的变化减去另一组相对基线的变化，输出方向、幅度及多重检验结果。
组间变化差与各组内部效应并列解释：两组都下降时，正向差值可以来自其中一组降幅较小。森林图给出组间差及区间，组内效应表和患者轨迹给出各组的实际变化过程；早期疗效、疾病负荷及临床阶段按对应时间记录加入关联分析。
分析解读 多蛋白响应结构
变化热图以各治疗组、各访视相对基线的模型效应为数值，使用同一色标比较方向和幅度。共同时间响应与治疗相关动态分别标注，单行显示一个蛋白的过程，行间比较显示哪些成员具有相近轨迹；这些成员的功能注释用于解释相应动态集合。
需要研究整体分子响应时，可采用重复测量ASCA类方法，对时间和交互组成的固定效应矩阵进行分解。效应坐标表示访视与治疗组组合的模型变化，蛋白载荷表示各蛋白对相应成分的贡献，解释率表示各成分占所分解效应变异的比例。三者分别描述组别与时间的位置、蛋白贡献和变异组成。
公开数据分析实例
以下图件使用PRINCE公开研究中57名随机Ⅱ期参与者的连续血清蛋白组，比较nivolumab联合化疗与sotigalimab联合化疗两组。访视覆盖图展示从基线至后续疗程的可用样本；主要动态模型围绕基线、第15天和第29天组织早期响应分析。
实例根据随机分组设计采用共同基线约束的纵向混合模型，分别估计平均时间变化、两组变化差和各治疗组内部变化。图中个体细线使用实际观测丰度，粗线和区间使用模型估计，变化热图使用各组相对基线的log2倍数变化。
样本与项目资料
提供患者编号、体液类型、计划访视、实际采样日期、治疗方案、给药周期和主要临床信息；研究疗效或进展时，提供相应评价日期、结局定义及疾病负荷。已有蛋白结果可提供样本定量矩阵和检测批次，使各次采样与临床时间保持对应。
样本规模根据独立患者数、预期变化、患者内相关性、访视数量及预计随访完成情况确定。样本配置优先覆盖能够回答主问题的基线和关键访视，并保留同一患者剩余材料，便于对早期动态候选开展靶向复测或其他检测方式的比较。
服务流程与交付结果
主要时间窗和患者取样关系确定纵向比较，访视覆盖与蛋白定量评估确定可用观测。重复测量模型分别报告时间效应、治疗交互和指定访视差异，多蛋白分析概括共同变化模式。复测方案列明候选轨迹、对应临床阶段及所需采样时点。
交付包含纵向样本表、患者访视记录、蛋白覆盖、模型结果和指定对比，以及患者轨迹、模型均值、效应森林图和变化热图。开展多变量结构分析时，同时提供效应坐标、蛋白载荷及解释率；专题报告附主要方法、参数和可用于汇报及论文准备的图注。
项目咨询：请提供研究问题、样本类型与数量、分组设计及相关病理、临床或配套组学资料。多组学与生信定制咨询：multiomics@omicsolution.com。
图文示例
图文为分析方法、公开数据再分析或研究示例。示例中的样本数量、效应和模型性能对应各自数据与分析条件，不代表其他项目的结果保证。服务用于科研；候选关系与预测结果不能替代机制验证、独立队列验证或临床诊断。
图1 纵向队列的访视覆盖与定量深度
访视样本数显示各时点覆盖的人群，患者矩阵显示这些样本是否来自连续或间断采样，定量深度显示单样本蛋白信息。主要时间窗内的记录构成纵向模型的观测，患者随机效应则描述同一患者多次检测之间的相关性。
图2 两治疗组共享的早期蛋白动态
第15天与第29天的平均效应分别显示两组等权汇总后的时间变化，患者细线保留这些均值所对应的个体观测。两个访视的方向和幅度对照后，可辨认早期变化随后回落或继续维持的轨迹，显示不同动态候选的时间特征。
图3 早期蛋白变化的治疗组差异
两组采用相同基线关系及访视定义，变化差评价相同阶段的治疗组动态差异。各时点效应区间显示差异的幅度和精度，单蛋白轨迹则说明这一差异来自两组怎样的升降过程，并显示到后续访视时是维持还是减弱。
图4 模型估计的治疗组内变化图谱
四列使用同一色标，分别显示治疗组与访视组合相对基线的模型变化。逐行比较可辨认同一蛋白在两组的共同响应或差异，行间相近颜色则表示相似时间模式；类别标注把治疗交互候选与时间反应成员区分开来。
图5 纵向固定效应的主要变化方向与蛋白贡献
模型固定效应被分解为主要变化成分，坐标表示各访视与治疗组组合的效应位置，蛋白载荷显示相应贡献。沿访视顺序比较坐标，再对应正负载荷的成员，可辨认主要时间变化由哪些蛋白共同构成。
图6 更多共享时间反应蛋白的患者轨迹
LYVE1、GSS和TNC呈现早期升高，LYZ先降低后升高，患者细线同时保留不同基线水平及响应幅度。模型均值概括各阶段趋势，个体观测显示这些趋势在患者中的分布，区分持续变化与转向变化的蛋白轨迹。
图7 更多具有治疗组差异的动态蛋白
四个蛋白均在第15天下降、第29天回升，两组降幅有所不同。患者细线显示同组内部的响应差异，模型均值概括各组变化；组间变化差将这些轨迹的平均差别量化，说明早期治疗差异对应的时间和变化方向。
项目咨询
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