目标区域 ROI蛋白图谱与病理区室差异分析

适用研究场景

病灶与邻近区的比较适合回答局部病变伴随哪些蛋白变化。可在同一患者中分别切取病灶、邻近非病变组织及其他预设对照区，利用患者内配对减少个体背景差异的影响；若同时纳入非患病供体组织，可进一步区分病灶相关变化、邻近组织反应和不同供体之间的差异。

上皮、基质及其他病理区室的比较适合研究同一组织内部的分子分工。取样边界由病理标注确定，区域比较保持相同的区室定义；对疾病阶段、病理等级或治疗条件的研究，可在独立患者中重复相同区室的取样，评估某一病理区域内的蛋白变化与临床状态的关系。

对结构复杂或可用材料较少的组织，可优先围绕最核心的两类区室开展定向比较，再根据结果扩展区域范围。冷冻和石蜡包埋组织均可进入方案评估，切取面积、区域合并方式和重复区域数量结合组织形态、目标结构大小及预实验信号确定。

服务特色

同一患者的多个ROI用于描述组织内部的蛋白分布，疾病组间比较则以独立患者为样本单位。每个ROI附有患者、切片、病理类别及切取范围，因而可以分别考察区室差异与个体差异。整体蛋白图同时标注分级和检测批次，呈现病理类别与其他样本特征在数据中的分布。

区域差异报告同时给出队列效应和每位患者的配对变化。蛋白丰度差、置信区间及多重检验结果说明平均变化及其统计范围，患者内差值说明方向在个体间是否一致。同一患者增加ROI主要扩展区室内部的空间观察；增加独立患者则用于估计区域特征在人群中的共同表现与个体差异。

分析项目

样本结构与蛋白数据

• 整理患者、切片、ROI与病理区室的对应关系，并合并分级、受体亚型和检测批次，形成支持区域配对及患者组间比较的样本信息表。
• 整理蛋白组标识、基因注释与ROI定量矩阵，分别建立用于检出覆盖统计和丰度比较的数据集合，输出对应的蛋白注释与定量表。
• 根据目标区室、病灶阶段及治疗访视定义主要比较，列出各比较的患者数、区域组成与配对关系，形成项目专属的比较项目清单。

ROI定量覆盖与区域检出

• 统计每个ROI的可定量蛋白数与缺失比例，按病理区室展示深度分布及区域间离散程度，输出ROI质量表和分组定量覆盖图。
• 按病理类别计算蛋白的ROI检出比例，形成各区室的重复检出蛋白集合，输出蛋白所属区室、检出比例和对应的区域覆盖数据。
• 比较不同病理区室的检出集合交集，整理共有、单一区室及特定区室组合中的检出蛋白，输出交集图及各组合的完整成员清单。

区域整体结构与异质性

• 基于变异较大的蛋白开展主成分分析，以病理类别和患者信息标注ROI，输出主成分得分、蛋白载荷及区域整体关系图。
• 计算ROI之间的蛋白丰度相关性并进行层次聚类，展示区域整体相似性、同类区室内部差异及患者来源，输出相关矩阵和聚类热图。
• 筛选高变异蛋白绘制区域丰度热图，以病理类别和分子亚型注释ROI，展示协同蛋白模式，交付代表蛋白列表与标准化作图矩阵。

患者内区域配对比较

• 将同一患者同一区室的多个ROI汇总为区域蛋白特征，建立病灶与邻近区等患者内配对，输出区室汇总矩阵和每位患者的配对差值。
• 在独立患者层估计区室间蛋白丰度差异，报告平均log2变化、效应量及多重检验结果，输出全蛋白统计表、候选清单和差异图。
• 对配对结果补充秩检验及标准化效应量，并展示代表蛋白的患者内连线和差值分布，输出候选蛋白的方向一致性与个体变化范围。

病理分层与同类区室比较

• 在同类病理区室内按患者比较病理等级或临床分组，结合分子亚型和检测批次进行调整，输出蛋白层调整效应及相应统计结果。
• 将区域配对效应与患者分级效应并列展示，分别保留比较对象、变化方向和显著性信息，形成可对应不同研究问题的双比较差异图。
• 在同一患者具有多阶段或治疗前后同类区室样本时，组织配对蛋白比较，输出阶段相关变化、持续变化候选及各患者的响应图。

功能富集与区域解释

• 分别整理病灶区升高和对照区升高的蛋白，以本项目可测蛋白对应基因为背景开展富集，输出方向分开的功能结果表。
• 对GO生物过程、Reactome及KEGG条目展示命中比例、命中蛋白数和校正显著性，输出富集气泡图及各条目的完整成员信息。
• 将主要功能条目与成员蛋白的区域丰度和配对效应对应，形成区室相关功能描述，并按研究主题整理用于组织染色或靶向检测的候选。

结果汇总与科研图表

• 汇总同一区室内多个ROI及不同患者的代表蛋白表现，输出区域内异质性、患者间差异和候选覆盖资料，支持重点区域选择。
• 整理样本层信息、蛋白定量、检出集合、差异统计和功能结果，形成可按区室、患者分组及候选蛋白检索的项目结果表。
• 提供区域关系、丰度热图、配对分布、差异图和功能图的高分辨率文件，配套图注、作图数据及统计方法，支持报告和科研写作。

专题分析说明

ROI定量质量与覆盖评估

各ROI的可定量蛋白数、缺失比例、覆盖率及丰度分布，与切取面积、样本处理和检测批次一起汇总。区域之间共有的定量蛋白用于比较整体结构，各配对中具备定量信息的蛋白用于估计区室差异；按区室整理的检出集合则描述蛋白在不同病理区域的出现范围。

区域整体结构分析

主成分分析显示ROI在主要蛋白变化方向上的分布，相关性矩阵进一步比较区域两两之间的相似程度。将患者、病理区室、分级和批次注释叠加后，可观察哪些蛋白模式随区室变化、哪些差异出现在同一区室内部，并用代表蛋白热图展开相应的丰度组合。

区室共有与稳定检出蛋白

区域检出分析以独立患者为单位统计蛋白出现频率，分别整理跨区室共有蛋白和在某一区室反复检出的蛋白。候选表列明检出患者数、可用患者数及丰度分布，区分覆盖多个患者的区域特征与集中出现于少数患者的蛋白。

患者内配对差异分析

以同一患者的两类区室构成配对，估计蛋白丰度差异，并通过患者分组的汇总或重复测量模型处理同一个体内的多个ROI。结果报告效应大小、置信区间和多重检验校正结果，代表蛋白同时展示患者内连线或配对差值，呈现队列平均变化及个体响应范围。

同类区室的临床组间比较

在相同器官和相同区室定义下，比较不同疾病阶段、病理等级或处理组，将患者作为独立样本，并根据研究设计纳入年龄、性别等预设协变量。临床信息用于患者分层和统计调整，病理标注用于区域定位，输出相应区室内与临床状态相关的蛋白结果。

区域相关功能与候选蛋白整理

通路和功能集合分析分别整理差异蛋白的功能组成及排序蛋白的富集方向。每个条目附有成员蛋白、变化方向和区室分布，候选排序再综合定量覆盖、效应幅度与患者一致性。围绕上皮结构、细胞外基质或免疫反应等课题，可据此确定免疫染色、靶向定量及功能实验所研究的区域与分子。

样本与资料准备

建议提供组织类型、保存方式、疾病分组、患者或动物编号、切片编号及目标区室说明，并配套可识别取材位置的病理图像。涉及配对比较时，需要明确哪些ROI来自同一个体，以及病灶与对照区的对应关系；涉及病理等级或临床表型时，提供其定义、记录单位和缺失情况。

正式检测前共同确定区域边界、主要比较和区域合并方式。同一区室内位置分离的ROI可用于观察区室内部差异；为满足检测输入而合并区域时，取样表列明各组成区域的范围和面积。已有临床队列可按患者、病理类别和可用区室形成取样组合，分别组织患者内比较及同类区室的患者组间比较。

服务流程

项目先根据病理图像确定区室边界、对照关系和独立样本结构，形成ROI取样清单。区域切取、微量样本制备及质谱检测完成后，按患者和区室整理蛋白定量数据，实施质量评估及配对或组间比较。报告按区室列出差异蛋白、功能结果及候选分子；病理图、定量表和结果图沿用对应样本编号，可并列查看取材位置与丰度变化。

交付内容

交付ROI样本信息表、蛋白鉴定与定量数据、区域质量概览、差异分析结果表、功能注释及候选蛋白清单，附统计方法、主要参数和图形说明。图件包括区域整体关系、蛋白丰度热图、配对差异和关键蛋白分布；按项目范围提供高分辨率图片、图表数据及结果解释。候选表列明对应区室和主要比较，可据此确定区域验证的取材对象。

项目咨询：请提供研究问题、样本类型与数量、分组设计及相关病理、临床或配套组学资料。多组学与生信定制咨询：multiomics@omicsolution.com。

图文示例

图文为分析方法、公开数据再分析或研究示例。示例中的样本数量、效应和模型性能对应各自数据与分析条件，不代表其他项目的结果保证。服务用于科研；候选关系与预测结果不能替代机制验证、独立队列验证或临床诊断。

图1 不同病理区室的蛋白定量覆盖

公开研究数据再分析示例；易算生物重新分析。

同一病理类别内的散点高低不同，表示ROI之间的定量深度存在差异；箱线图则概括该类别的典型水平与离散范围。对蛋白数偏低的区域，可用切取面积、组织成分和处理记录解释其覆盖情况，再确定区域比较所用的蛋白集合。

图2 病理区室的整体蛋白关系

公开研究数据再分析示例；易算生物重新分析。

病理类别相同的ROI在主成分空间中可能集中，也可能与其他类别重叠，图中同时保留这两种关系及类别内部的差异。这里的距离反映整体蛋白特征的相近程度；实际取材位置由对应病理标注确定。

图3 ROI之间的蛋白丰度相关性

公开研究数据再分析示例；易算生物重新分析。

相关性矩阵保留每一对ROI的蛋白相似程度，补充主成分图未完全呈现的区域关系。沿顶部的病理类别和分子亚型注释查看相关性块，可判断相近蛋白模式集中在同类区域，还是跨越多个病理类别。

图4 区域蛋白丰度与病理特征

公开研究数据再分析示例；易算生物重新分析。

蛋白内标准化后，热图比较的是同一蛋白在不同ROI中的相对水平。连续成片的高、低丰度区域显示多个蛋白共同变化；顶部病理类别和分子亚型注释说明这些组合与哪些区域相关，以及同类区域内部是否仍有差异。

图5 不同病理类别的重复检出组合

公开研究数据再分析示例；易算生物重新分析。

每种检出组合对应一组具有共同出现范围的蛋白，因而可区分多类区域共有蛋白与部分病理类别的重复检出蛋白。患者覆盖和丰度差异分别补充其在人群中的出现范围及定量变化，区域候选据这两类结果进一步筛选。

图6 区域配对差异 病理分级比较与代表蛋白

公开研究数据再分析示例；易算生物重新分析。

同一患者的侵袭区与邻近正常区配对，估计局部区室差异；不同病理等级患者之间的比较，估计患者组间差异。B–D把三个代表蛋白展开到患者层，每条连线的方向和长度分别显示该患者的区域变化方向与幅度。

图7 邻近正常区相对升高蛋白的功能富集

公开研究数据再分析示例；易算生物重新分析。

邻近正常区相对升高的蛋白中，哪些成员集中参与细胞外基质或组织结构过程，由富集条目及其命中比例概括。配套成员表可逐项查看这些已测蛋白的区域变化，明确功能结果由哪些分子共同支持。