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MASS SPECTROMETRY SERVICES

空间蛋白质组检测

空间蛋白质组检测方案

3 大取样策略,兼容各种分析需求

激光显微切割结合高灵敏质谱,将蛋白质组结果与组织空间位置关联,支持区域对比、网格图谱与特定细胞类型研究。

策略研究目标取样要点
ROI 取样癌与癌旁、肿瘤中心至边缘等区域对比按病理特征圈定区域;宣传单页建议个体重复 5–10 例,实际由实验设计确定。
格栅式全息取样连续病理变化与空间表达图谱平铺式网格取样,单点 ≥50 μm;可先选 1–2 例探索。
特定细胞取样正常、免疫或肿瘤等细胞类型比较可将数个细胞切割合并;适用于经评估的冻存或 FFPE 材料,不要求活细胞分选。

一站式空间蛋白组分析流程

组织评估、切片染色、显微切割、前处理、质谱和分析流程
组织评估、切片染色、显微切割、前处理、质谱和分析流程

先确认组织状态、染色与取样策略,再进行微量样本处理、纳流质谱检测、质量控制、空间定位与区域比较。

不同取样策略的蛋白鉴定深度

实验示例观察结果
ROI 切割200 μm 区域约 5,200 种蛋白;50 μm 小区域约 2,700 种。
全息切割50 μm 单点示例最高约 4,200 种蛋白/格。
特定细胞类型切割200 μm 分辨条件下约 2,200–5,400 种蛋白;展示了荧光、IHC、HE、石蜡与透明化材料案例。

应用案例 · 脑肿瘤空间蛋白组

方法开发示例:96 样本前处理约 1.5 小时,其中快速酶解约 10 分钟,适用于单细胞、微量细胞及显微切割材料。

单细胞与显微切割组织样本的快速前处理:一步裂解 60 min、快速酶解 10 min,所示流程总时长小于 1.5 h。
单细胞与显微切割组织样本的快速前处理:一步裂解 60 min、快速酶解 10 min,所示流程总时长小于 1.5 h。

脑转移瘤与原位瘤研究案例采用 50 μm 空间分辨率、400 个 spot,每个 spot 少于 10 个细胞。通过空间表达聚类与联合流式分选蛋白组,研究肿瘤中心到癌旁的表达差异及免疫微环境。

  • 空间定位与区域注释、区域差异蛋白分析。
  • 候选标志蛋白筛选及后续验证设计。
  • 功能富集、通路分析、空间与表达聚类。
  • 按研究目标联合空间、单细胞或血浆蛋白组。

送样建议

  • 新鲜组织建议速冻或 OCT 包埋,避免不适当冷冻形成冰晶;也可评估 PFA 固定或石蜡包埋组织。
  • 切片建议厚度 10 μm;准备 3–4 张连续切片,包括 HE 染色、测试与备用白片及后续验证切片。
  • 研究者确认病理结构;50–100 μm 高分辨取样需提前沟通面积、策略及分析成本。
  • 至少提前 1 周沟通取样策略、分组与样本适用性。

空间蛋白组与空间代谢组的包埋要求不同,不应共用送样条件。

咨询方案与送样