蛋白质组学（Proteomics）在大规模水平上研究蛋白质的组成及其表达水平、修饰状态，蛋白蛋白相互作用等，由此获得蛋白水平关于疾病发生，细胞代谢等过程全面认识。相比于转录组，蛋白质组直接检测功能的效应物，其表达趋势更准确反映疾病或生理状态变化，后续验证阳性率高，高分文章不断，且蛋白比mRNA更稳定，样本准备、储存和运输都更简便。然而，蛋白组检测深度仍面临挑战，尤其低丰度蛋白易被高丰度蛋白掩盖，导致全面覆盖蛋白信号异常困难。

DIA（Data-Independent Acquisition）是一种突破性质谱数据采集模式，通过循环扫描预设m/z窗口内所有母离子并采集其碎片离子信息，显著降低了传统DDA（Data-dependent Acquisition）因选择性采集导致的随机性，并大幅提升了大样本定量分析的重现性。