2025最新药靶发现蛋白质组方案
LiP-MS升级创新药靶发现方法，通过优化酶切条件和强化酶解深度，能高效识别药物在蛋白质组中的潜在靶点。相比传统方法，升级技术成本降低50%，靶标检出灵敏度更高，特别适用于初步筛选小分子未知靶标，以及弱相互作用。
无需探针构建
免化学修饰，避免假阳性
高效低成本
相比传统方法成本降低50%
双维度信息
靶标及结合区域一步到位
高灵敏度
相比文献靶标变化倍数提升1倍
核心技术优势
酶切体系全面优化
优化酶的选择与酶切条件，增强特异性蛋白酶活性，显著提升实验效率，天然靶标筛选全面进入单日时代。
实验成本大幅降低
升级样本前处理与数据分析方法，与传统LiP-MS相比，无需背景扣除步骤，样本分析成本降低一倍。
靶标信号显著增强
降低未结合区域大分子片段干扰，增强配体结合区域信号，与传统LiP-MS相比，低丰度靶标识别能力更强。
升级方法实验流程
1. 药物处理
客户提供药物和细胞，我司非变性提取蛋白。设置实验组(药物孵育)与对照组(如DMSO)，每组3-5个生物学重复。
2. 深度酶解与肽段分离收集
使用蛋白酶快速强力酶切，将限制性酶切产生的药物保护区域分离，显著增强目标区域信号变化。
3. 质谱分析
采用Eclipse或Astral等高精度质谱，通过DIA定量蛋白质组学鉴定酶切肽段丰度差异，比较实验组与对照组差异。
4. 数据整合
基于p-value和FC筛选差异肽段，结合火山图、热图可视化以及功能分析，根据疾病类型、蛋白定位、通路富集和蛋白互作网络等信息锁定候选药靶。
升级方法测试数据
高深度与重复性检测
在雷帕霉素-HeLa细胞的DEMO中，升级技术检测深度达5000-6000+蛋白，接近常规全蛋白组检测水平，并且组内蛋白定量平行性良好，为药靶发现提供高重复性和全面性数据。
高灵敏度检测
火山图清晰展示雷帕霉素处理组与对照组的差异蛋白，FKBP1A靶标蛋白显著富集在差异区域，并且相比文献经典LiP-MS方法变化倍数更大，说明升级方法更高灵敏和特异性检测药靶。
结合区域可视化
升级技术成功鉴定到FKBP1A的多条显著变化肽段，这与LiP-MS文献鉴定的雷帕霉素-FKBP1A结合区域一致，说明该方法在识别药靶结合区域方面的可靠性。
多点高阶方案测试
在5个浓度梯度（含对照组）测试中，4个浓度同时交集到药靶蛋白FKBP1A，再次验证了升级技术在药靶发现应用中的稳定性、灵敏度和特异性。
数据分析范例
全程数据质量控制与深度挖掘
样本水平分析：PCA、PLS-DA、相关性分析等整体评估组内样本重复性和组间差异
差异肽段分析：结合FC & p-value定量差异筛选，火山图、聚类热图等可视化呈现处理组vs对照组差异肽段
所属蛋白功能分析：GO功能/KEGG通路富集/蛋白互作网络等揭示药物作用机制与调控通路，寻找核心靶标
肽段Barcode分析：客户挑选候选靶标后，一系列可视化作图便于观察因药物结合或构象改变引起的关键区域
三维结构可视化：对候选或已验证靶标绘制三维结构图，空间可视化定位药物-靶标结合区域
剂量-响应曲线：通过绘制“S”曲线和相关性的计算可以用于进一步筛选药物靶标（多浓度点高阶方案特有分析）
实验方案选择
单浓度初筛靶标
单一药物浓度筛选
药物组 vs 对照组（4vs4）
基础数据分析报告
药物作用靶点初筛
实验周期：~4周
与TPP组合初筛
LiP-MS升级 + TPP组合
双重技术交叉验证
结构与热稳定性双重保障
提高靶标筛选准确性
实验周期：~4周
五浓度点细筛靶标
设置4个浓度梯度+对照组
维恩交集与热图趋势分析
显著提高靶标特异性
筛选高可靠性靶点
实验周期：~4-6周
八浓度点高阶方案
设置7个浓度梯度+对照组
大队列质控分析
拟合剂量-响应曲线
进阶版细筛药靶
实验周期：~4-8周