泛素化修饰蛋白质组技术方案
蛋白质泛素化修饰（Ubiquitination）是一种重要的蛋白质翻译后修饰。泛素是由76个氨基酸组成的小分子蛋白，泛素化过程是通过E1泛素激活酶、E2泛素结合酶和E3泛素连接酶的三级酶联反应，将泛素分子共价连接至靶蛋白，泛素化在蛋白质的定位、代谢、功能、调节和降解中都起着十分重要的作用。该通路广泛参与细胞周期进程、分化、应激反应及凋亡等生理过程，其异常与多种疾病相关。
全流程解决方案
从样品处理到数据分析的完整流程
针对3-5mg蛋白样本富集泛素化修饰肽段前处理方案。
样本类型：动植物组织/细胞/菌体等样本类型
样本前处理：提取总蛋白、蛋白酶解和泛素化修饰肽富集
质谱检测：高通量高灵敏度质谱timsTOF或Astral分析
数据分析：鉴定和定量结果统计，蛋白功能分析和motif分析
送样建议
动物组织：100mg
植物组织：5g
微生物菌体：500μL
细胞：2×10^7
蛋白：3-5mg
实测数据
不同组织样本中的优异表现
物种：小鼠
1. 脑、睾丸、肺、肾脏和肝脏组织
2. 小鼠细胞
质谱：Astral或timsTOF
1. DIA采集模式，Astral 30min梯度
2. DIA采集模式，timsTOF
泛素化修饰鉴定数
1. 31000-40000个泛素化位点
2. 25000+个泛素化肽段/样
全面分析内容
多维数据揭示生物学意义
数据统计与质量控制
■ 泛素化位点数量统计
■ 样本相关性分析和重复性评估
■ 质谱数据质量评估
■ 修饰位点置信度、定位及定量
差异分析
■ 泛素化位点差异筛选
■ 差异热图与聚类分析
■ 泛素化位点韦恩图分析
■ 泛素化位点火山图
功能富集与网络分析
■ GO、KEGG通路富集分析
■ 蛋白-蛋白互作网络（PPI）
■ 通路注释可视化图
成功应用案例
泛素化修饰蛋白组研究的调控研究
通过泛素化修饰蛋白质组学发现肝脏抗氧化能力的分子机制
研究设计
添加α-硫辛酸_vs_基础饲料喂养的猪
生物学重复：6_vs_6
样本类型：收集肝脏组织
实验方案：全蛋白组+K-ε-GG抗体富集泛素化组+差异位点筛选+PRM验证
主要发现
鉴定到1564个泛素化位点，136个差异
添加α-硫辛酸(LA)增强泛素化水平和肝脏抗氧化能力
差异泛素化蛋白显著富集于色氨酸代谢通路（如KMO等关键蛋白）
LA通过增强KMO泛素化促进其降解，抑制酶活性，进而驱动色氨酸代谢流向神经保护性产物倾斜，减少氧化损伤
研究意义
提出“泛素化-代谢流重编程”模型：LA→KMO泛素化→KYNA/3-HK平衡→抗氧化增强
全蛋白质组+泛素化修饰组学+靶向验证的研究范式，为抗氧化干预研究提供思路