基于质谱的抗体从头测序
抗体是生物医药领域的重要工具,广泛应用于疾病预防、诊断和治疗,特别是在癌症和自身免疫病的治疗中发挥着关键作用。抗体分子的一级结构,尤其是CDR的氨基酸序列,对于抗体的疗效和安全性至关重要。我们基于质谱的从头测序技术(De Novo)不依赖于传统的蛋白质数据库搜索或核酸编码序列,利用高精度质谱设备直接对抗体蛋白进行氨基酸序列解析。
全流程技术突破
创新样品处理方法与自研序列组装算法
1. 样本制备革新:SP-MEGD方法,在所述方法验证条件下,低至50 μg 蛋白样本获得完整测序结果
SP-MEGD(单管多酶梯度消化)搭配五种蛋白酶的梯度消化,有效解决了传统单一蛋白酶消化覆盖不全面、肽段碎片化严重的问题。仅需50μg珍贵样本即可完成测序,在该方法验证数据中,全序列结果与参考序列一致;低至25 μg 时,重链与轻链覆盖率仍保持较高水平。
2. 精准测序升级:深度学习+双碎裂模式,获取“三高”peptide reads
整合了Casanovo深度学习模型(超210万谱图训练,氨基酸精度~80%)与 LC-MS/MS双碎裂技术(HCD+EThcD),可稳定输出高丰度、高精度、高多样性的肽段序列,为下游 Fusion算法精准解析异构氨基酸、全长抗体高保真组装提供关键支撑。
3. 组装能力突破:Fusion智能拼接算法,提高全长序列重建一致性
自主研发的Fusion组装器实现了两大突破:1. 自动识别CDR边界、推断序列长度,用于全序列组装;2. 整合casanovo捕获的w离子证据,结合束搜索策略,精准区分亮氨酸/异亮氨酸。有效解决传统分析软件组装片段缺失、错误插入或错配,以及异构体区分能力差等问题。
具体优势表现
方法灵敏度、准确性、未知单抗测序与验证、混合抗体测序成功全面评估
样本需求少,组装准确率高
在所述50 μg 验证样本中获得与参考序列一致的全序列结果。
未知单抗测序,并生物验证
解析未知鼠源单抗并成功克隆表达,在动物模型中验证了其功能。
成功解析混合抗体,打破传统
成功测序3/5个混合单抗,完整重建重轻链全长序列及CDR,且结果与单抗测序高度一致。
1. 在所述50 µg、100 µg和200 µg测试样本中,CDR区域与全序列结果均与参考序列一致。
2. 成功测序并重组表达后的目的细胞清除效率和原管抗体效果相当,而且生产的抗体在流式细胞结合(细胞水平)和SPR亲和力(分子水平)两方面均与商业抗体相当,更验证了其结合特异性和亲和力。
3. 在无需预先进行单克隆分离的情况下,成功对含有3种人源抗体混合物,3种鼠源抗体混合物以及5个纳米抗体混合样本进行从头测序,完整重建各个抗体的全长序列及CDR区,且结果与单抗测序高度一致。
服务流程
从样本接收到成果交付全周期服务:测序周期短、成本低、成功率高
样本寄送
客户提供单克隆抗体样本
样本质检
实验室评估样本质量进行
质谱数据采集
蛋白酶解和质谱测序
时间:1周完成
从头测序分析
De Novo测序及序列组装
时间:2周完成
出具报告
提供全面准确的序列信息
总周期:全流程2-3周
抗体验证
客户进行抗体验证
注:特殊复杂样品处理时间可能适当延长,我们会提前与客户沟通时间安排。
送样建议
确保提供符合要求的样品以获得最佳结果
| 相关事项 | 具体要求 |
|---|---|
| 样本量 | 单抗从头测序:针对单抗,建议200μg(低至50μg也可另询),纯度:>80%,物种不限。 |
| 抗体混合物测序:针对3种以内混合抗体(3-10种混合抗体另询)。 |
交付结果
详细的分析报告与可追溯原始数据
标准交付成果
抗体轻链和重链的完整氨基酸序列
CDR区域精准注释与定位图
轻重链CDR1/2/3质谱谱图
全序列覆盖度/位点测序深度可视化图谱
分子量检测结果及偏差分析
完整实验流程与测序报告
技术资料
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